【技術實現步驟摘要】
本專利技術屬于生物，涉及一種甘藍型油菜泛基因組液相芯片及其應用。
技術介紹
1、甘藍型油菜(brassica?napus?l.,aacc)，是油菜三大類型之一，起源于約7500年前的地中海地區，由白菜(brassica?rapa,aa,n＝10)和甘藍(brassica?oleracea,cc,n＝9)自然雜交后形成的異源四倍體植物，其染色體組為aacc，含有19條染色體。這種作物不僅可生產食用油，而且其餅粕富含蛋白質，可作為動物飼料。甘藍型油菜在長期馴化栽培過程中產生了廣泛的變異，根據開花對低溫需求將油菜分為三種生態類型：冬性油菜(需長時間低溫春化)、春性油菜(不需要低溫春化或短時間低溫春化)和半冬性油菜(需要一定時間的低溫春化)。
2、隨著測序技術的快速發展和成本的大幅下降，大量物種的全基因組序列完成，極大推動了基因組育種的發展進程。目前，多個作物物種都已開發完成基因芯片，并進行育種應用。已知的油菜芯片都是以冬性油菜“darmor-bzh”作為參考基因組，對于盛產半冬性油菜類型的中國并不適合。液相芯片基于重測序技術，對每個目標位點進行專一性捕獲測序，相比于固相芯片，具有高靈活性、檢測成本低、高通量檢測能力、樣本用量少、操作簡便快捷、靈敏度和準確性高等優點。
3、一個物種的泛基因組幾乎含有該物種全部的遺傳信息。油菜泛基因組目前已經構建了兩個版本，一個是以基因組damor?v8.1為基礎，通過對33份非合成油菜種質和20份人工合成種質進行二代測序以及迭代組裝得到(參考文獻：hurgobin?b,golic
技術實現思路
1、本專利技術解決的技術問題是提供含有半冬性、冬性和春性油菜品種的檢測芯片，解決了現有油菜芯片的基礎群體多樣性不夠的問題。
2、第一方面，本專利技術提供了甘藍型油菜全基因組的位點組合，所述甘藍型油菜全基因組的位點組合由10414個位點組成，所述10414個位點包括9901個snp位點和513個indel位點；
3、所述10414個位點的物理位置是基于半冬性甘藍型油菜品種zs11的泛基因組序列比對確定的，所述基于半冬性甘藍型油菜品種zs11的泛基因組序列為甘藍型油菜泛基因組數據庫bnpir中的pan-referenc?e.v0.fa；具體位點如權利要求所示。
4、上述基于半冬性甘藍型油菜品種zs11的泛基因組序列網址為http://cbi.hzau.edu.cn/rape/downlo?ad_ext/panrefgenome.fa。
5、第二方面，本專利技術提供了探針組合物，其為特異捕獲甘藍型油菜全基因組的位點組合的探針組。
6、上述中，探針的設計過程為：探針長度110bp、探針gc含量在30％～70％之間、同源性區域個數≤5，選取區域最大限度地不包含ssr和gap區域；根據篩選獲得的snp位點設計兩條有60％～70％重疊且覆蓋snp位點的核苷酸序列；根據設計的核苷酸序列進行單鏈核苷酸合成，合成兩條長度為110bp，5’端帶有生物素基團修飾的dna核苷酸序列。將上述兩條合成后的探針進行等摩爾質量混合，利用edta和tris?hcl混合液定容為3pmol/ml的探針混合液。
7、第三方面，本專利技術提供了檢測甘藍型油菜全基因組的液相芯片，其包括第二方面所述探針組合物和雜交捕獲試劑。
8、上文中，所述雜交捕獲試劑在本專利技術的實施例中來自石家莊博瑞迪生物技術有限公司的genobaits?dna?seq?library?prep試劑盒，包括獨立包裝的genobaits?block?i、genobaits?block?ii、genobaits?2×hyb?buffer、genobaits?hyb?buffer?enhancer、genobaits?2×beads?wash?buffer、genobaits?10×wash?buffer?i、genobaits?10x?washbuffer?ii、genobaits?10x?wash?buffer?iii、genobaits?10x?str?ingent?wash?buffer。
9、第四方面，本專利技術提供了第一方面所述的位點組合或第二方面所述探針組合物在設計、開發或制備檢測甘藍型油菜全基因組位點的基因芯片中的應用。
10、上文所述應用中，所述基因芯片為液相芯片。
11、第五方面，本專利技術提供了第一方面所述位點組合或第二方面所述的探針組合物或第三方面所述液相芯片在如下任一或制備具有如下任一功能的產品中的應用：
12、1)檢測甘藍型油菜全基因組位點；
13、2)檢測目標材料基因型；
14、3)區分油菜類型；
15、4)遺傳圖譜構建與基因定位；
16、5)群體分層
17、6)群體進化；
18、7)全基因組關聯分析；
19、8)分子標記輔助選擇；
20、9)全基因組選擇育種；
21、10)種子純度與真實性鑒定；
22、11)品種權保護。
23、第六方面，本專利技術提供了一種檢測甘藍型油菜全基因組位點的方法，包括如下步驟：用第一方面所述液相芯片對待測甘藍型油菜進行檢測，實現檢測甘藍型油菜全基因組位點。
24、現有油菜芯片的基礎群體多樣性不夠，以冬性油菜品種作為參考基因組，功能標記少，標記密度高，檢測費用很高。因此，以半冬性油菜代表性品種“中雙11(zs11)”為基礎構建的泛基因組作為中國甘藍型油菜育種芯片的開發更為理想，這不僅考慮了大多數的半冬性油菜群體，也兼顧了其他類型油菜群體。
25、本專利技術以來源于全球范圍的2774份甘藍型油菜(含冬性、春性和半冬性油菜)為基礎群體，以半冬性油菜zs11本文檔來自技高網...
【技術保護點】
1.甘藍型油菜全基因組位點組合，其由10414個位點組成，所述10414個位點包括9901個SNP位點和513個Indel位點；
2.探針組合物，其為特異捕獲權利要求1所述位點組合的探針組。
3.檢測甘藍型油菜全基因組的液相芯片，其包括權利要求2所述探針組合物和雜交捕獲試劑。
4.權利要求1所述位點組合或權利要求2所述探針組合物在設計、開發或制備檢測甘藍型油菜全基因組位點的基因芯片中的應用。
5.根據權利要求4所述的應用，其特征在于：所述基因芯片為液相芯片。
6.權利要求1所述位點組合或權利要求2所述的探針組合物或權利要求3所述液相芯片在如下任一或制備具有如下任一功能的產品中的應用：
7.一種檢測甘藍型油菜全基因組位點的方法，包括如下步驟：用權利要求3所述液相芯片對待測甘藍型油菜進行檢測，實現檢測甘藍型油菜全基因組位點。
【技術特征摘要】
1.甘藍型油菜全基因組位點組合，其由10414個位點組成，所述10414個位點包括9901個snp位點和513個indel位點；
2.探針組合物，其為特異捕獲權利要求1所述位點組合的探針組。
3.檢測甘藍型油菜全基因組的液相芯片，其包括權利要求2所述探針組合物和雜交捕獲試劑。
4.權利要求1所述位點組合或權利要求2所述探針組合物在設計、開發或制備檢測甘藍型油菜全基...
【專利技術屬性】
技術研發人員：彭建祥，施亮，王冰冰，費小紅，楊毅榮，范志雄，王蒙，
申請(專利權)人：長沙百奧云數據科技有限公司，
類型：發明
國別省市：
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