【技術實現步驟摘要】
本專利技術屬于分子標記領域，具體涉及一種番茄單性結實基因 slpat-2的indel分子標記及其應用。
技術介紹
1、單性結實是指在沒有經過授粉的情況下，可以產生無籽果實的過程。根據形成原因，單性結實可將其劃分為兼性與專性兩種。兼性單性結實在受基因控制的同時受到環境脅迫，產生無籽果實。專性單性結實只受遺傳基因調控，不會受到外界條件的改變而產生無籽果實，且具有穩定的遺傳特性。
2、近年來，盡管已發現了大量單性結實番茄的種質資源，但對單性結實形成及調控的分子機理仍沒有一個統一的定論。隨著設施農業的發展，生產上對于能夠適應脅迫環境的單性結實番茄的需求也是逐漸增加，番茄單性結實品種的選育也成為番茄育種的重要目標之一。
3、隨著分子生物學和測序技術的飛快發展，對性狀的獲取已經由表型上升至基因型，利用與目標性狀基因緊密連鎖的分子標記對個體進行篩選，有助于快速提高對單性結實性狀番茄選擇的育種效率，節約育種成本，提升番茄產業的經濟效益。
4、缺失突變（deletion?mutation）是指去除一段dna后，導致dna堿基數目減少。小的缺失是指去除基因內的一個或幾個堿基對，而大的缺失是指刪除整個基因或幾個相鄰基因。被刪除的dna可能造成編碼蛋白質功能的改變。
5、indel作為新一代分子標記，具有豐度高、檢測易實現自動化等特點，利用indel序列的多態性開發用于檢測番茄單性結實性狀的標記已成為可能。因此，通過篩選indel標記，可提高單性結實這一重
技術實現思路
1、本專利技術的目的是提供了一種番茄單性結實基因 slpat-2的indel分子標記及其應用。所述indel分子標記能夠快速鑒定針對 slpat-2基因缺失導致的番茄單性結實能力，有利于番茄單性結實的育種。
2、為實現上述專利技術目的，本專利技術采用以下技術方案予以實現：
3、本專利技術提供了一種番茄單性結實基因 slpat-2的indel分子標記，其核苷酸序列如seq?id?no.3所示，其是位于番茄基因組第4號染色體62627567-62628600bp處的1034bp的缺失。
4、本專利技術還提供了用于檢測所述的indel分子標記的引物對，其上游引物序列如seqid?no.4所示，下游引物序列如seq?id?no.5所示。
5、本專利技術還提供了一種試劑盒，其特征在于，所述試劑盒中含有所述的引物對。
6、本專利技術還提供了一種快速檢測不同番茄種質資源的方法，其包括以下步驟：
7、（1）提取待檢測番茄的基因組dna，
8、（2）利用所述的引物對對步驟（1）的基因組dna進行擴增，
9、（3）對步驟（2）的擴增產物進行電泳檢測，若電泳結果顯示擴增產物包含兩條主帶，則待測番茄具有單性結實能力。
10、進一步的，所述步驟（3）中，兩條擴增產物的主帶分別為408bp和1442bp。
11、進一步的，所述步驟（3）中，若電泳結果顯示擴增產物只包含一條1442bp的主帶，則待測番茄不具有單性結實能力；若擴增產物包含408bp和1442bp兩條主帶，則待測番茄具有單性結實能力；若擴增產物只包含一條408bp的主帶，則待測番茄具有最高的單性結實能力。
12、進一步的，所述擴增程序設置為：95℃預變性?3min；95℃變性15s，59.8℃退火15s，72℃延伸1min30s，重復35個循環；?72℃總延伸?5min，4℃保存。
13、進一步的，所述擴增體系為：12.5μl?2×go?taq?r?colorless?master?mix，引物對各1μl，2μl?dna模板，補充8.5?μl?ddh2o。
14、本專利技術還提供了所述的indel分子標記、或者所述的引物對、或者所述的試劑盒在篩選培育番茄單性結實品種中的應用。
15、進一步的，所述的番茄單性結實是由 slpat-2基因缺失導致的。
16、本專利技術與現有技術相比，具有以下優點和有益效果：
17、1、本專利技術建立了一種快速鑒定針對 slpat-2基因缺失導致番茄單性結實的indel標記技術體系，首先分析與番茄單性結實的缺失突變特異性，然后將獲得缺失突變進一步轉化成indel標記，并在自然群體中加以驗證，進而提高了標記開發的準確性。
18、2、本專利技術開發的indel標記是與針對 slpat-2基因缺失導致番茄單性結實的標記，其可以應用于與番茄單性結實有關的育種和輔助育種中，無需田間統計耗費大量人力即可快速篩選得到單性結實番茄材料，既避免了環境因素對表型鑒定的影響又大大縮短了育種周期，是一種快捷有效的先進育種手段。
本文檔來自技高網...【技術保護點】
1.一種番茄單性結實基因SlPat-2的InDel分子標記，其特征在于，所述InDel分子標記的核苷酸序列如SEQ?ID?No.3所示，其是位于番茄基因組第4號染色體62627567-62628600bp處的1034bp的缺失。
2.用于檢測權利要求1所述的InDel分子標記的引物對，其特征在于，所述引物對的上游引物序列如SEQ?ID?No.4所示，下游引物序列如SEQ?ID?No.5所示。
3.一種試劑盒，其特征在于，所述試劑盒中含有權利要求2所述的引物對。
4.一種快速檢測不同番茄種質資源的方法，其特征在于，包括以下步驟：
5.根據權利要求4所述的方法，其特征在于，所述步驟（3）中，兩條擴增產物的主帶分別為408bp和1442bp。
6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，所述步驟（3）中，若電泳結果顯示擴增產物只包含一條1442bp的主帶，則待測番茄不具有單性結實能力；若擴增產物包含408bp和1442bp兩條主帶，則待測番茄具有單性結實能力；若擴增產物只包含一條408bp的主帶，則待測番茄具有最高的單性結實能力
7.根據權利要求4所述的方法，其特征在于，所述擴增程序設置為：95℃預變性?3min；95℃變性15s，59.8℃退火15s，72℃延伸1min30s，重復35個循環；?72℃總延伸?5min，4℃保存。
8.根據權利要求4所述的方法，其特征在于，所述擴增體系為：12.5μl?2×Go?Taq?RColorless?Master?Mix，引物對各1μl，2μl?DNA模板，補充8.5?μl?ddH2O。
9.權利要求1所述的InDel分子標記、或者權利要求2所述的引物對、或者權利要求3所述的試劑盒在篩選培育番茄單性結實品種中的應用。
10.根據要求9所述的應用，其特征在于，所述的番茄單性結實是由SlPat-2基因缺失導致的。
...【技術特征摘要】
1.一種番茄單性結實基因slpat-2的indel分子標記，其特征在于，所述indel分子標記的核苷酸序列如seq?id?no.3所示，其是位于番茄基因組第4號染色體62627567-62628600bp處的1034bp的缺失。
2.用于檢測權利要求1所述的indel分子標記的引物對，其特征在于，所述引物對的上游引物序列如seq?id?no.4所示，下游引物序列如seq?id?no.5所示。
3.一種試劑盒，其特征在于，所述試劑盒中含有權利要求2所述的引物對。
4.一種快速檢測不同番茄種質資源的方法，其特征在于，包括以下步驟：
5.根據權利要求4所述的方法，其特征在于，所述步驟（3）中，兩條擴增產物的主帶分別為408bp和1442bp。
6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，所述步驟（3）中，若電泳結果顯示擴增產物只包含一條1442bp的主帶，則待測番茄不具有單性結...
【專利技術屬性】
技術研發人員：朱文瑩，曹作增，王亮芳，王輝，王富，
申請(專利權)人：青島農業大學，
類型：發明
國別省市：
還沒有人留言評論。發表了對其他瀏覽者有用的留言會獲得科技券。