【技術實現(xiàn)步驟摘要】
本專利技術屬于基因檢測及農(nóng)作物分子遺傳育種領域，具體涉及一種甘薯基因拷貝數(shù)檢測的方法及其應用。
技術介紹
1、基因劑量效應是指生物體基因劑量(即基因組中目標基因的拷貝數(shù))改變，進而導致表型發(fā)生變化的遺傳學現(xiàn)象。多倍體作物基因組中的基因劑量效是一個極為復雜的現(xiàn)象，基因組劑量增加可能導致基因表達的劑量效應，當相應基因的表達水平與同源染色體數(shù)目的增加成正比時，稱為正劑量效應基因，反之稱為負劑量效應基因。這種基因的劑量效應不僅影響作物生長發(fā)育和產(chǎn)量，如多倍化導致細胞和種子的增大，還可能影響作物的抗逆性和品質等性狀。因此，深入研究作物多倍體基因組中的基因劑量效應對于提高作物產(chǎn)量和品質具有重要意義。
2、目前應用于基因拷貝數(shù)變異檢測的技術主要有southern雜交、實時熒光定量pcr(qpcr)、數(shù)字pcr(dpcr)、全基因組測序(wgs)等，這些技術在準確性、實驗操作、時間、成本、效率等方面各有側重。qpcr技術是一種在dna特異性擴增反應中，實時監(jiān)測每次擴增循環(huán)后的特異性產(chǎn)物總量，并通過內參或者外參法對待測樣品中的特定dna序列進行定量分析的方法，由于這種方法具有檢測靈敏度高、與各種檢測方案的兼容性好、操作技術簡單、設備購置與維護成本低等多方面的優(yōu)勢，已廣泛應用于生物學與醫(yī)學等領域。
3、甘薯(ipomoea?batatas(l.)lam.)是全球主要的糧食、飼料及工業(yè)原料作物，自然界存在二倍體、四倍體、六倍體等多種類型的甘薯近緣野生種，但甘薯栽培種卻是典型的高度雜合的六倍體作物(染色體為2n＝6x＝90)，其
4、近些年來，得益于甘薯基因組的測序與組裝工作的推進，科學家們目前已獲得較為完善的甘薯基因組組裝信息，并且完成了六倍體基因組各個單倍型序列的精細組裝，為甘薯現(xiàn)代遺傳育種工作的開展提供了準確的參考信息。然而，目前針對甘薯基因拷貝數(shù)分析的方法多基于高通量測序技術，針對目標基因拷貝數(shù)的檢測仍存在較大的局限性。
技術實現(xiàn)思路
1、為了解決上述技術問題，本專利技術提供以下技術方案：
2、一種基于內參基因檢測甘薯基因拷貝數(shù)的引物對，所述引物對包含內參基因ibtua的特異性檢測引物對primer-t1、內參基因ibactin的特異性檢測引物對primer-t2和甘薯基因的引物對primer-tn；所述內參基因ibtua的核苷酸序列如seq?id?no:1所示，所述內參基因ibactin的核苷酸序列如seq?id?no:2所示。
3、seq?id?no:1
4、atggcttccatttccgccgccgcggccgccgtcaacgccaaattagtatacccatacgccccttcttccacccccacctcctcaaaaccctcaaagcttatcttatcctcttctttcaccccaactctctccacccacttcgtccactccccttccgccgccgtccccgccgccgccgccatccgccaccgccgcttcaccgtccgcgccgcccgcggcaagttcgagcggaagaagccccacgtcaacattggcacaatcggccacgtggaccacggcaagacaaccctaaccgccgcgctcaccatggccttggccgccaacggaaactccgccccgaagaaatacgacgaaatcgacgccgccccggaggagagagcccgtgggattacgattaacaccgccacggtggagtacgagaccgagaatcggcactacgcgcacgtggactgccccggccacgcggattacgtcaagaatatgattaccggagccgcccagatggacggggctattctggtggtttccggcgccgatgggccgatgccccagactaaagaacacattttgttggctaagcaagtgggtgtccctaatatggtggtgtttctgaacaaacaggaccaggttgatgatgaggagcttcttcagcttgtggaattggaggtgagagagctcttatcctcttatgaattccctggtgatgatattccaattgtttccgggtctgctttgttagccctagaggctttaatggctaaccctagtattaaaaggggtgagaatcaatgggttgataagatttatgaattaatggactctgtggatgcttacattcctatcccacaaagacagactgatttgccatttttaatggccattgaagatgttttctcaattactggtagaggcacagtggccacagggagagtagagaggggcactgttaaagttggggacactgttgatatagttggattgaaggacactaggaacacaactgtgactggggttgagatgtttcagaagattttggatgatgccatggcaggggataatgtggggttgttattgagaggtatgcagaaggcagatattcagagggggatggtgttggcaaaaccggggactatcactccccacactaagttcgagtcgattgtgtacgtgttgaagaaggaggaaggcgggaggcactccccgttcttcgctgggtacaggccacagttctacatgaggacgactgatgtgaccgggaaggtgaccgggattaagaacgacaaagacgaggagtcgaagatggtgatgcccggggatcgtgtgaaaatggttgtggagctcattatgccggtcgcttgtgagcaagggatgagatttgctatccgggaaggaggaaagaccgtcggggctggtgtcattcagaaaattctcgagtga
5、seq?id?no:2
6、tggcagatgctgaggatattcagccacttgtctgtgacaatggaactggaatggtgaaggctggatttgctggtgatgatgctccaagagcagtgtttcccagtattgtgggtcgcccccgtcacactggtgttatggttgggatgggacagaaggatgcctatgtg本文檔來自技高網(wǎng)...
【技術保護點】
1.一種基于內參基因檢測甘薯基因拷貝數(shù)的引物對，其特征在于，所述引物對包含內參基因IbTUA的特異性檢測引物對Primer-T1、內參基因IbActin的特異性檢測引物對Primer-T2和甘薯基因的引物對Primer-Tn；所述內參基因IbTUA的核苷酸序列如SEQ?ID?NO:1所示，所述內參基因IbActin的核苷酸序列如SEQ?ID?NO:2所示。
2.根據(jù)權利要求1所述的引物對，其特征在于，所述特異性檢測引物對Primer-T1、特異性檢測引物對Primer-T2和引物對Primer-Tn的工作條件相同。
3.根據(jù)權利要求1所述的引物對，其特征在于，所述特異性檢測引物對Primer-T1的核苷酸序列如SEQ?ID?NO:3-4所示；所述特異性檢測引物對Primer-T2的核苷酸序列如SEQ?IDNO:5-6所示。
4.一種基因檢測甘薯基因拷貝數(shù)的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包含權利要求1-3任一所述的引物對。
5.權利要求1-3任一所述的引物對或者權利要求4所述的試劑盒在檢測甘薯目標基因拷貝數(shù)和甘薯近緣野生種中基因組倍性
6.一種甘薯基因拷貝數(shù)檢測的方法，其特征在于，所述方法為：利用權利要求1-3任一所述的引物對或者權利要求4所述的試劑盒對待測樣品的DNA進行qPCR檢測，獲得所述待測樣品的Ct值數(shù)據(jù)。
7.根據(jù)權利要求6所述的方法，其特征在于，所述待測樣品的中DNA分別為轉基因CKn和混合樣MIXn。
8.根據(jù)權利要求7所述的方法，其特征在于，所述轉基因CKn的制備方法為：將構建的ProIbMYB1-4::CDSIbMYB1::Nos?Terminator::pCIAMBIA1300的表達載體轉入野生型擬南芥或甘薯栽培種“徐薯29”中，取正常生長的轉基因植株幼嫩葉片提取DNA得到轉基因CKn；所述混合樣MIXn的制備方法為將轉基因CKn和待檢測的甘薯葉片提取的DNA混合得到混合樣MIXn。
9.根據(jù)權利要求8所述的方法，其特征在于，當轉基因CKn為轉擬南芥CKn時，目標基因相對拷貝數(shù)C值：C＝6×2^ΔCt；ΔCt＝(CtX1+CtX2)/2-CtXn；
...【技術特征摘要】
1.一種基于內參基因檢測甘薯基因拷貝數(shù)的引物對，其特征在于，所述引物對包含內參基因ibtua的特異性檢測引物對primer-t1、內參基因ibactin的特異性檢測引物對primer-t2和甘薯基因的引物對primer-tn；所述內參基因ibtua的核苷酸序列如seq?id?no:1所示，所述內參基因ibactin的核苷酸序列如seq?id?no:2所示。
2.根據(jù)權利要求1所述的引物對，其特征在于，所述特異性檢測引物對primer-t1、特異性檢測引物對primer-t2和引物對primer-tn的工作條件相同。
3.根據(jù)權利要求1所述的引物對，其特征在于，所述特異性檢測引物對primer-t1的核苷酸序列如seq?id?no:3-4所示；所述特異性檢測引物對primer-t2的核苷酸序列如seq?idno:5-6所示。
4.一種基因檢測甘薯基因拷貝數(shù)的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包含權利要求1-3任一所述的引物對。
5.權利要求1-3任一所述的引物對或者權利要求4所述的試劑盒在檢測甘薯目...
【專利技術屬性】
技術研發(fā)人員：張道微，董芳，董文，項偉，黃艷嵐，張亞，張超凡，
申請(專利權)人：湖南省作物研究所，
類型：發(fā)明
國別省市：
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