【技術實現步驟摘要】
本專利技術涉及基因工程，具體地說，涉及一種與小麥千粒重相關的kasp標記及其應用。
技術介紹
1、小麥（ triticum?aestivuml.）作為全球廣泛種植的糧食作物，以其豐富的種植面積和高產量對糧食安全具有重大影響。千粒重，即一千粒小麥的重量，是衡量小麥飽滿程度和可能產量的關鍵指標。它不僅影響小麥的株型和抗倒伏能力，還直接關系到最終的產量和品質。因此，提高小麥的千粒重是育種和農業生產中的重要目標之一。
2、外顯子組測序是利用序列捕獲技術將全基因組外顯子區域dna捕獲并富集之后，通過高通量測序，發現與蛋白質功能變異相關遺傳突變的技術手段。相比于全基因組測序，外顯子組測序更經濟高效，對研究已知的snp、indel等具有較大的優勢。kasp（kompetitiveallele?specific?pcr，競爭性等位基因特異性pcr）技術是一種基于snp位點的分子標記方法，以其高度的穩定性、準確性和經濟性在基因分型中備受青睞。它特別適合于高通量分析，尤其是在需要處理大量樣本但可用的snp位點較少的情況下。kasp技術的應用不僅提高了基因分型的速度和效率，還降低了成本，使其在農業育種、遺傳研究和分子診斷等領域具有廣泛的應用前景。
技術實現思路
1、本專利技術的目的是提供一種與小麥千粒重相關的kasp標記及其應用。
2、為了實現本專利技術目的，第一方面，本專利技術提供一種與小麥千粒重相關的kasp標記，其為與植物千
3、進一步地，所述標記所含多態性位點的基因型為tt相較于基因型為cc的植物，具備更高的千粒重。
4、第二方面，本專利技術提供用于擴增所述標記的kasp引物組合，包括如seq?id?no:1所示的正向引物1（gcagcagctggccgcggcg）、如seq?id?no:2所示的正向引物2（gcagcagctggccgcggca）和如seq?id?no:3所示的反向引物（agctataggttggaggtagtata）。
5、進一步地，所述kasp引物組合中正向引物1、正向引物2的5′端還可以連接熒光標記序列，例如fam?(gaaggtgaccaagttcatgct)?或hex?(gaaggtcggagtcaacggatt）。
6、在本專利技術一個具體實施方式中，所述kasp引物組合如下：
7、33397938-f1：5’-gaaggtgaccaagttcatgcttgcagcagctggccgcggcg-3’；（seq?idno:4）
8、33397938-f2：5’-gaaggtcggagtcaacggatttgcagcagctggccgcggca-3’；（seq?idno:5）
9、33397938-r：5’-agctataggttggaggtagtata-3’（seq?id?no:3）。
10、第三方面，本專利技術提供還提供含有所述引物組合的檢測試劑或試劑盒。
11、第四方面，本專利技術提供一種鑒定植物千粒重（高低、大小）的方法，包括：以待測植物樣品的dna為模板，采用所述kasp引物組合或所述檢測試劑或試劑盒進行pcr擴增，根據擴增結果判斷所述待測植物樣品的千粒重。
12、優選地，以總體系10?μl計，pcr擴增采用的體系包括：2×kasp?mix?4~6?μl、引物混合物0.12~0.16?μl、dna模板25~35?ng，余量為水。
13、所述引物混合物以100?μl計，包括：100?μm正向引物1?10~14?μl，100?μm正向引物2?10~14?μl，100?μm反向引物28~32?μl，余量為水。
14、優選地，pcr擴增采用的反應程序為：95℃?8~12?min；95℃?15~25?s，61℃?60?s，8~12個循環，每個循環退火溫度降低0.5℃~0.7℃；95℃?15~25?s，55℃?35~45?s，32~36個循環；25℃?10~20?min。
15、進一步地，根據擴增結果判斷所述待測植物樣品的千粒重包括：對擴增產物中所述標記所含多態性位點的基因型進行分析，基因型為tt相較于基因型為cc的植物，具備更高的千粒重。
16、進一步地，所述植物為小麥。
17、第五方面，本專利技術提供所述標記、所述標記組合或所述檢測試劑或試劑盒的以下任一應用：
18、（1）用于小麥千粒重的鑒定、選育及改良；
19、（2）用于小麥千粒重性狀的早期預測；
20、（3）用于小麥分子標記輔助育種；
21、（4）用于篩選或培育高產植物。
22、借由上述技術方案，本專利技術至少具有下列優點及有益效果：
23、（一）本專利技術通過表型差異分析和外顯子捕獲測序技術，成功鑒定了一個與植物千粒重密切相關的snp位點。該位點的多態性檢測能夠準確、快速地評估植物的千粒重特性。
24、（二）利用kasp技術，本專利技術提供的snp位點和相應的引物組合不僅提高了植物品種選擇的效率，還有助于縮短育種周期，加速高品質植物品種的培育。這些標記具有遺傳穩定性好、分辨率高，適合高通量檢測，對植物育種領域具有顯著的應用價值。
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1.與小麥千粒重相關的KASP標記，其特征在于，其為與植物千粒重相關的SNP分子標記，所述標記含有小麥1A染色體第33397938?bp處的多態性為C/T的核苷酸序列。
2.根據權利要求1所述的標記，其特征在于，所述標記所含多態性位點的基因型為TT相較于基因型為CC的植物，具備更高的千粒重。
3.用于擴增權利要求1或2所述標記的KASP引物組合，其特征在于，包括如SEQ?ID?NO:1所示的正向引物1、如SEQ?ID?NO:2所示的正向引物2和如SEQ?ID?NO:3所示的反向引物。
4.含有權利要求3所述的引物組合的檢測試劑或試劑盒。
5.一種鑒定植物千粒重的方法，其特征在于，包括：以待測植物樣品的DNA為模板，采用權利要求3所述KASP引物組合或權利要求4所述檢測試劑或試劑盒進行PCR擴增，根據擴增結果判斷所述待測植物樣品的千粒重。
6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，以總體系10?μL計，PCR擴增采用的體系包括：2×KASP?Mix?4~6?μL、引物混合物0.12~0.16?μL、DNA模板25~35?n
7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，PCR擴增采用的反應程序為：95℃?8~12min；95℃?15~25?s，61℃?60?s，8~12個循環，每個循環退火溫度降低0.5℃~0.7℃；95℃?15~25?s，55℃?35~45?s，32~36個循環；25℃?10~20?min。
8.根據權利要求6或7所述的方法，其特征在于，根據擴增結果判斷所述待測植物樣品的千粒重包括：對擴增產物中所述標記所含多態性位點的基因型進行分析，基因型為TT相較于基因型為CC的植物，具備更高的千粒重。
9.根據權利要求5-8任一項所述的方法，其特征在于，所述植物為小麥。
10.權利要求1或2所述標記、權利要求3所述KASP引物組合或權利要求4所述檢測試劑或試劑盒的以下任一應用：
...【技術特征摘要】
1.與小麥千粒重相關的kasp標記，其特征在于，其為與植物千粒重相關的snp分子標記，所述標記含有小麥1a染色體第33397938?bp處的多態性為c/t的核苷酸序列。
2.根據權利要求1所述的標記，其特征在于，所述標記所含多態性位點的基因型為tt相較于基因型為cc的植物，具備更高的千粒重。
3.用于擴增權利要求1或2所述標記的kasp引物組合，其特征在于，包括如seq?id?no:1所示的正向引物1、如seq?id?no:2所示的正向引物2和如seq?id?no:3所示的反向引物。
4.含有權利要求3所述的引物組合的檢測試劑或試劑盒。
5.一種鑒定植物千粒重的方法，其特征在于，包括：以待測植物樣品的dna為模板，采用權利要求3所述kasp引物組合或權利要求4所述檢測試劑或試劑盒進行pcr擴增，根據擴增結果判斷所述待測植物樣品的千粒重。
6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，以總體系10?...
【專利技術屬性】
技術研發人員：李愛麗，崔達達，毛龍，耿帥鋒，劉少帥，車育青，
申請(專利權)人：中國農業科學院作物科學研究所，
類型：發明
國別省市：
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