【技術實現步驟摘要】
本申請涉及數據處理，具體地，涉及一種分子動力學模擬方法、分子動力學模擬裝置、計算機設備和計算機存儲介質。
技術介紹
1、分子動力學(molecular?dynamics，簡稱md)是一門結合了數學、物理、化學以及生物學等多門學科的前沿技術。一般來說，研究分子體系結構與性質的方法共分為：實驗、理論研究和模擬三種，而分子動力學模擬(molecular?dynamics?similation，簡稱md模擬)是一種基于牛頓運動定律的分子模擬方法，用于計算分子體系與時間相關的性質。md模擬可以依據當前分子體系的位置、速度和動能等信息，對分支體系的位置、速度和動能進行預測，從而揭示分子運動的客觀規律。然而，隨著模擬系統規模的不斷增大以及復雜度的不斷提高，傳統的分子動力學模擬方法在處理大規模系統時，計算效率及數據處理等方面面臨著巨大的挑戰。
技術實現思路
1、本申請實施例中提供了一種分子動力學模擬方法、分子動力學模擬裝置、計算機設備和計算機存儲介質，進而至少在一定程度上克服由于相關技術的限制和缺陷而使得計算效率低、數據傳輸量大技術問題。
2、本申請實施例的第一個方面，提供了一種分子動力學模擬方法，該方法包括：預先將實際物理空間劃分為多個計算單元區域，并將實際物理空間中處于不同物理空間區域的原子信息，分配至與物理空間區域對應的計算單元區域中；針對每個計算單元區域中的目標原子，在目標原子的第一計算單元區域中的位置超出第一計算單元區域的邊界位置時，確定目標原子的待遷移方向；基于待遷移方向，
3、本申請實施例的第二個方面，提供了一種分子動力學模擬裝置，該裝置包括：區域劃分模塊，用于預先將實際物理空間劃分為多個計算單元區域，并將實際物理空間中處于不同物理空間區域的原子信息，分配至與物理空間區域對應的計算單元區域中；方向確定模塊，用于針對每個計算單元區域中的目標原子，在目標原子的第一計算單元區域中的位置超出第一計算單元區域的邊界位置時，確定目標原子的待遷移方向；原子遷移模塊，用于基于待遷移方向，將第一計算單元區域中的目標原子遷移至第二計算單元區域。
4、本申請實施例的第三個方面，提供了一種計算機設備，包括存儲器和處理器，存儲器存儲有計算機程序，處理器執行計算機程序時實現如上任一項分子動力學模擬方法的步驟。
5、本申請實施例的第四個方面，提供了一種計算機可讀存儲介質，其上存儲有計算機程序，計算機程序被處理器執行時實現如上任一項的分子動力學模擬方法的步驟。
6、本申請實施例的第五個方面，提供了一種計算機程序產品，包括計算機程序，該計算機程序被處理器執行實現如上的任一項的分子動力學模擬方法的步驟。
7、本申請的技術方案具有以下有益效果：
8、通過該分子動力學模擬方法，預先將實際物理空間劃分為多個計算單元區域，并將實際物理空間中處于不同物理空間區域的原子信息，分配至與物理空間區域對應的計算單元區域中；針對每個計算單元區域中的目標原子，在目標原子的第一計算單元區域中的位置超出第一計算單元區域的邊界位置時，確定目標原子的待遷移方向；基于待遷移方向，將第一計算單元區域中的目標原子遷移至第二計算單元區域。一方面，該方法將連續的實際物理空間劃分為多個離散的計算單元區域，以在多個離散的計算單元區域中并行對原子遷移的數據進行計算，不僅實現對計算資源的高效利用，具有出色的可擴展性，也提高計算效率和分支動力學模擬的速度。另一方面，該方法在并行效率提高的基礎上，還可以大大增加了可模擬的系統規模，從而提高了分子動力學模擬的適用范圍。
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1.一種分子動力學模擬方法，其特征在于，包括：
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述預先將實際物理空間劃分為多個計算單元區域，包括：
3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，在所述將所述實際物理空間中處于不同物理空間區域的原子信息，分配至與所述物理空間區域對應的計算單元區域中之后，所述方法還包括：
4.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，在所述確定所述目標原子的待遷移方向之后，所述方法還包括：
5.根據權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述方法還包括：
6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，所述方法還包括：
7.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一計算單元區域是處于一模擬邊界的計算單元區域，第三計算單元區域是處于另一模擬邊界的計算單元區域，所述確定所述目標原子的待遷移方向，包括：
8.一種分子動力學模擬裝置，其特征在于，包括：
9.一種計算機設備，包括：包括存儲器和處理器，所述存儲器存儲有計算機程序，其特征在于，所述處理器執行所述計算機程序時實現權利要求
10.一種計算機可讀存儲介質，其上存儲有計算機程序，其特征在于，所述計算機程序被處理器執行時實現權利要求1至7中任一項所述的分子動力學模擬方法的步驟。
...【技術特征摘要】
1.一種分子動力學模擬方法，其特征在于，包括：
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述預先將實際物理空間劃分為多個計算單元區域，包括：
3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，在所述將所述實際物理空間中處于不同物理空間區域的原子信息，分配至與所述物理空間區域對應的計算單元區域中之后，所述方法還包括：
4.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，在所述確定所述目標原子的待遷移方向之后，所述方法還包括：
5.根據權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述方法還包括：
6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，所述方法還包括：
...【專利技術屬性】
技術研發人員：郭璟，翟宇卓，
申請(專利權)人：上海思朗科技有限公司，
類型：發明
國別省市：
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