【技術實現步驟摘要】
本專利技術屬于辣椒育種和分子生物學領域，尤其涉及一種與辣椒果色基因cachl1緊密連鎖的kasp分子標記及其引物、試劑盒、獲得方法和其在預測辣椒果色變化及分子輔助育種中的應用。
技術介紹
1、辣椒( capsicum?annuum?l.)為茄科辣椒屬，是中國最重要的蔬菜作物之一。果實是辣椒最主要的經濟產出品。辣椒果實顏色豐富，在青果期，類胡蘿卜素含量較低，葉綠素作為主要的色素決定著辣椒果實顏色；未成熟果有深綠、淺綠、黃綠、乳白色、紫色、黑色等多種顏色。辣椒果實顏色影響消費者選擇的一項重要外觀經濟性狀，同時它也是育種的重要目標之一。
2、基因測序技術的發展及辣椒基因組序列的公布，促進了分子育種技術在辣椒中的應用以及辣椒基因組學的快速發展。通過對一系列重要育種性狀相關基因的定位和克隆，為分子標記的開發及在辣椒育種上的應用奠定了基礎。在產量性狀方面，研究者通過自然群體或雜交群體已經鑒定果實相關qtls?位點約?215?個，其中?17?個位點遺傳效應大于20%。利用?94?份辣椒材料進行全基因組關聯分析（gwas）鑒定到16個snp位點與果重關聯，其中7個snp位于已知果重基因上，如 stylosa、 fasciated、 wuschel和 clavata1等基因。 c.? annuumx
3、目前對于辣椒果實色澤的機理研究主要在關注辣椒紅色素的合成代謝機制上，育種目標則集中在選育高辣椒紅色素的辣椒新品種上；對辣椒葉綠素遺傳機制的解析關注較少。
4、因此，探究辣椒重要農藝性狀如果色的關鍵基因或qtl功能，并開發果色相關的分子標記，有利于辣椒果實顏色的選育，且為克隆滯綠基因，研究葉綠素降解的分子機制奠定了基礎。
技術實現思路
1、本專利技術所要解決的技術問題是，克服以上
技術介紹
中提到的不足和缺陷，提供一種與辣椒果色基因cachl1緊密連鎖的kasp分子標記及其引物、試劑盒、獲得方法和應用。
2、為解決上述技術問題，本專利技術提出的技術方案為：
3、一種與辣椒果色基因cachl1緊密連鎖的kasp分子標記，以辣椒zunla-1的基因為參考基因，在辣椒5號染色體上第13072545位堿基處的單核苷酸多態性，此處發生了堿基g到c的替換。
4、上述的與辣椒果色基因cachl1緊密連鎖的kasp分子標記，優選的，所述辣椒果色基因 cachl1編碼區的cds核苷酸序列如seq?id?no：1所示：
5、atggctaatgaatatggaactgttagatatgaagaggaatatatattgaattcaagaggaatgaaattgttcacatgtaattggttaccaaaagattgtgaaccaaaagctttgattttcctctgtcatggatatgccttggagtgtagtatatcaatgaaagatgctggaattagattagcaaaagcaggatttggagtatatggagtggattatgaaggacatggaaagtcagaaggacttcaaggatatgtacctagcataaatgctgttgttgatgattgttttcagcattattccaaaatttctgaaaaaaaggagaataaaaagaaaatgagaatattgatgggtgaatccatgggaggagctgtagctcttcttttacacagaaaacaacctgaattttgggatggcgctgttttaattgctccaatgtgtaagattgcagaagatatgaggccacatccaatggtgataagtgttttgaccaaactttgcaattttattccaacatggagaatagttccaactcaagatgttgttgatttagcttttagagaccctcaagttagaaaagagattagaaacaacccatattgctacaagggaaagcccaggctacaaacagcacaccaactaatgacagtcagtatggatttagaacaaagacttgaagaagtgacattgccatttctcatagttcatggtgaagatgacactgtcactgatccctctgtaagcaaactcctatacgaaaaggcatcgagcgtcgataagagcttcaagttgtaccccgggatgtggcattcgctctcctacggtgaatttcca[g/c]agaatagagacatcgtcttcgcggacattgtcaagtggttagaggagaaaataaggatgggtaactcaaggctagagaggcaacaaaagcaagcaaatgatcaaaaaatcagcagcagttag。
6、上述的與辣椒果色基因cachl1緊密連鎖的kasp分子標記，優選的，其核苷酸序列如seq?id?no：2所示：gctctcctacggtgaatttccacagaatagagacatcgtcttcgcggacattgtcaagtggttagaggagaaaataaggatgggtaactcaaggctagagaggcaacaaaagcaagcaaatgatca。
7、作為一個總的專利技術構思，本專利技術還提供一種鑒定與辣椒果色基因cachl1緊密連鎖的kasp分子標記的引物，包括：
8、正本文檔來自技高網...
【技術保護點】
1.一種與辣椒果色基因CaCHL1緊密連鎖的KASP分子標記，其特征在于，以辣椒zunla-1的基因為參考基因，在辣椒5號染色體上第13072545位堿基處的單核苷酸多態性，此處發生了堿基G到C的替換。
2.?如權利要求1所述的與辣椒果色基因CaCHL1緊密連鎖的KASP分子標記，其特征在于，其核苷酸序列如SEQ?ID?NO：2所示。
3.一種鑒定如權利要求1或2所述的與辣椒果色基因CaCHL1緊密連鎖的KASP分子標記的引物，其特征在于，包括：
4.?如權利要求3所述的引物，其特征在于，兩個正向引物分別連接不同的熒光接頭序列，其中，正向引物1中與FAM熒光匹配的接頭序列為?GAAGGTGACCAAGTTCATGCT，正向引物2中與?HEX熒光匹配的接頭序列為?GAAGGTCGGAGTCAACGGATT。
5.一種鑒定如權利要求1或2所述的與辣椒果色基因CaCHL1緊密連鎖的KASP分子標記的試劑盒，其特征在于，包括如權利要求3或4所述的引物。
6.一種如權利要求1或2所述的與辣椒果色基因CaCHL1緊密連鎖的KASP分
7.一種如權利要求1或2所述的KASP分子標記或權利要求3或4所述的引物或權利要求5所述的試劑盒在鑒定辣椒果色類型或分子輔助育種中的應用。
8.如權利要求7所述的應用，其特征在于，包括以下步驟：
9.如權利要求8所述的應用，其特征在于，步驟（2）中，PCR?擴增程序為：Preincubation94℃?900S；94℃?20S，78℃?10S，TD?62℃，0?Cyc-＞57?(-0℃)，10個循環；94℃?20S，57℃60S，35個循環；Cooling?37℃?30S。
10.如權利要求8所述的應用，其特征在于，對擴增產物進行基因分型時，如果擴增產物中只檢測到連接了熒光接頭序列的正向引物1對應的熒光信號，則檢測位點為G:G基因型，則判定辣椒果實為淺綠顯性植株；如果擴增產物中只檢測到連接了熒光接頭序列的正向引物2對應的熒光信號，則檢測位點為C:C基因型，則判定辣椒果實為深綠隱性植株；如果擴增產物中同時檢測到連接了熒光接頭序列的正向引物1和2對應的熒光信號，則檢測位點為G:C基因型，則判定為辣椒果實為淺綠雜合植株。
...【技術特征摘要】
1.一種與辣椒果色基因cachl1緊密連鎖的kasp分子標記，其特征在于，以辣椒zunla-1的基因為參考基因，在辣椒5號染色體上第13072545位堿基處的單核苷酸多態性，此處發生了堿基g到c的替換。
2.?如權利要求1所述的與辣椒果色基因cachl1緊密連鎖的kasp分子標記，其特征在于，其核苷酸序列如seq?id?no：2所示。
3.一種鑒定如權利要求1或2所述的與辣椒果色基因cachl1緊密連鎖的kasp分子標記的引物，其特征在于，包括：
4.?如權利要求3所述的引物，其特征在于，兩個正向引物分別連接不同的熒光接頭序列，其中，正向引物1中與fam熒光匹配的接頭序列為?gaaggtgaccaagttcatgct，正向引物2中與?hex熒光匹配的接頭序列為?gaaggtcggagtcaacggatt。
5.一種鑒定如權利要求1或2所述的與辣椒果色基因cachl1緊密連鎖的kasp分子標記的試劑盒，其特征在于，包括如權利要求3或4所述的引物。
6.一種如權利要求1或2所述的與辣椒果色基因cachl1緊密連鎖的kasp分子標記的篩選方...
【專利技術屬性】
技術研發人員：劉周斌，李信云，毛蓮珍，歐立軍，鄒學校，趙亞男，鄔偉盛，戴雄澤，楊博智，曾立宇，
申請(專利權)人：湖南農業大學，
類型：發明
國別省市：
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