【技術(shù)實(shí)現(xiàn)步驟摘要】
本專利技術(shù)涉及一種snp分子標(biāo)記及其應(yīng)用，尤其涉及一種與橡膠樹乳管列數(shù)相關(guān)的snp標(biāo)記及其應(yīng)用。
技術(shù)介紹
1、天然橡膠樹是一種重要的工業(yè)原料，熱帶作物橡膠樹是其主要的商業(yè)來源。目前，適宜種植橡膠樹的面積十分有限，無法通過擴(kuò)大種植面積來增加產(chǎn)量，大幅度提高橡膠樹單位面積產(chǎn)量是一條適合橡膠事業(yè)發(fā)展和緩解天然橡膠供需矛盾壓力的可行途徑。
2、傳統(tǒng)有性雜交育種是橡膠樹產(chǎn)量育種的主要和常規(guī)方法，然而常規(guī)育種周期長(zhǎng)，通常需要三四十年才有可能培育出新的優(yōu)良品種。此外，橡膠樹遺傳背景狹窄，種質(zhì)資源的匱乏，以上因素均極大制約橡膠樹良種培育進(jìn)程和產(chǎn)業(yè)發(fā)展。隨著現(xiàn)代分子生物技術(shù)的發(fā)展，分子標(biāo)記輔助選擇育種能在一定程度上解決上述問題，推動(dòng)橡膠樹育種進(jìn)程。近年來，橡膠樹分子標(biāo)記開發(fā)和利用工作已取得了一定進(jìn)展，但遠(yuǎn)不能滿足橡膠樹分子育種的需求。因此，橡膠樹的乳管是決定天然橡膠產(chǎn)量的重要因素，乳管列數(shù)的增加對(duì)于橡膠產(chǎn)量的提升至關(guān)重要。深入挖掘與橡膠樹乳管列數(shù)的分子標(biāo)記，對(duì)于橡膠樹的品種選育具有重要的意義。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
1、本專利技術(shù)在于克服現(xiàn)有技術(shù)中的不足，提供一種與橡膠樹乳管列數(shù)相關(guān)的snp標(biāo)記及其應(yīng)用。
2、本專利技術(shù)的第一個(gè)方面是提供一種橡膠樹的snp分子標(biāo)記，所述snp分子標(biāo)記的序列如seq?id?no.1所示，所述seq?id?no.1所示序列自5'端起第100?bp位點(diǎn)處的堿基為a或c（應(yīng)當(dāng)理解的是，在序列表中seq?id?no.1自5'端起第216?bp位點(diǎn)用“a”表示
3、專利技術(shù)人發(fā)現(xiàn)，該snp分子標(biāo)記的位點(diǎn)處基因型為ac基因型橡膠樹乳管列數(shù)多。
4、基于所述snp分子標(biāo)記，可以開發(fā)橡膠樹乳管列數(shù)的基因型鑒定方法，通過對(duì)所述snp位點(diǎn)堿基序列分析，所述snp位點(diǎn)的基因型為ac，初步鑒定橡膠樹乳管列數(shù)多，準(zhǔn)確度高。
5、為進(jìn)行所述snp分子標(biāo)記檢測(cè)，本專利技術(shù)的第二個(gè)方面是提供一種用于檢測(cè)本專利技術(shù)第一個(gè)方面所述的snp分子標(biāo)記的引物對(duì)，所述引物對(duì)包括正向引物f：5’-?aat?ttg?caacga?tgg?aaa?cg?-3’和反向引物r：5’-?tat?ttt?aag?tat?tcc?tta?tgc?ttc?tct?aag?-3’。
6、本專利技術(shù)的第三個(gè)方面是提供一種用于檢測(cè)本專利技術(shù)第一個(gè)方面所述的snp分子標(biāo)記的試劑盒，其包含本專利技術(shù)第二個(gè)方面所述的引物對(duì)。
7、本專利技術(shù)的第四個(gè)方面是提供本專利技術(shù)第一個(gè)方面所述的snp分子標(biāo)記、或者本專利技術(shù)第二個(gè)方面所述的引物對(duì)、或者本專利技術(shù)第三個(gè)方面所述的試劑盒在橡膠樹乳管列數(shù)檢測(cè)上的應(yīng)用。
8、本專利技術(shù)的第五個(gè)方面是提供一種幼苗期檢測(cè)橡膠樹乳管列數(shù)性狀的方法：提取待測(cè)橡膠樹的基因組dna，以待測(cè)橡膠樹基因組dna為模板，采用本專利技術(shù)第二個(gè)方面所述引物對(duì)進(jìn)行pcr擴(kuò)增，分析pcr擴(kuò)增產(chǎn)物的序列，進(jìn)行本專利技術(shù)第一個(gè)方面所述的snp分子標(biāo)記的檢測(cè)，確定待測(cè)橡膠樹的基因型，從而確定待測(cè)橡膠樹的乳管列數(shù)性狀。
9、其中，所述snp位點(diǎn)的基因型為ac時(shí)鑒定橡膠樹乳管列數(shù)多。
10、本專利技術(shù)的第六個(gè)方面是提供一種橡膠樹的選育方法：提取待選橡膠樹的基因組dna，以所得基因組dna為模板，采用本專利技術(shù)第二個(gè)方面所述引物對(duì)進(jìn)行pcr擴(kuò)增，分析pcr擴(kuò)增產(chǎn)物的序列，進(jìn)行本專利技術(shù)第一個(gè)方面所述的snp分子標(biāo)記的檢測(cè)，確定各個(gè)待選橡膠樹的基因型，對(duì)橡膠樹進(jìn)行選育。
11、本專利技術(shù)的第七個(gè)方面是提供如本專利技術(shù)第一個(gè)方面所述的snp分子標(biāo)記、或者本專利技術(shù)第二個(gè)方面所述的引物對(duì)、或者本專利技術(shù)第三個(gè)方面所述的試劑盒、或者本專利技術(shù)第五個(gè)方面所述的方法、或者本專利技術(shù)第六個(gè)方面所述的選育方法在橡膠樹選育中的用途。
12、本專利技術(shù)的有益效果在于：
13、（1）本專利技術(shù)首次從大數(shù)據(jù)層面，鑒定到位于seq?id?no.1核苷酸序列第100?bp位點(diǎn)處的snp與乳管列數(shù)的多/少密切關(guān)聯(lián)，利于檢測(cè)，準(zhǔn)確可靠，操作方便。
14、（2）利用本專利技術(shù)提供的所述snp分子標(biāo)記對(duì)橡膠樹乳管列數(shù)性狀進(jìn)行鑒定，篩選乳管列數(shù)多的橡膠樹準(zhǔn)確度高。
15、（3）本專利技術(shù)提供的snp分子標(biāo)記及其檢測(cè)方法不受橡膠樹樹齡影響，可以在幼苗期進(jìn)行選擇，極大地減少了育種工作量，顯著縮短了橡膠樹產(chǎn)量育種選擇周期，提高了育種效率，可以在實(shí)踐中用于橡膠樹產(chǎn)量分子標(biāo)記輔助育種。
本文檔來自技高網(wǎng)...【技術(shù)保護(hù)點(diǎn)】
1.一種橡膠樹的SNP分子標(biāo)記，其特征在于，所述SNP分子標(biāo)記的序列如SEQ?ID?No.1所示，所述SEQ?ID?No.1所示序列自5'端起第100?bp位點(diǎn)處的堿基為A或C；所述SNP分子標(biāo)記的AC基因型橡膠樹乳管列數(shù)多。
2.一種用于檢測(cè)權(quán)利要求1所述的SNP分子標(biāo)記的引物對(duì)，其特征在于，所述引物對(duì)包括正向引物F：5’-?AAT?TTG?CAA?CGA?TGG?AAA?CG?-3’和反向引物R：5’-?TAT?TTT?AAG?TATTCC?TTA?TGC?TTC?TCT?AAG?-3’。
3.一種用于檢測(cè)權(quán)利要求1所述的SNP分子標(biāo)記的試劑盒，其特征在于，其包含權(quán)利要求2所述的引物對(duì)。
4.如權(quán)利要求1所述的SNP分子標(biāo)記、或者權(quán)利要求2所述的引物對(duì)、或者權(quán)利要求3所述的試劑盒在橡膠樹乳管列數(shù)檢測(cè)上的應(yīng)用。
5.一種幼苗期檢測(cè)橡膠樹乳管列數(shù)性狀的方法，其特征在于，提取待測(cè)橡膠樹的基因組DNA，以待測(cè)橡膠樹基因組DNA為模板，采用權(quán)利要求2所述引物對(duì)進(jìn)行PCR擴(kuò)增，分析PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的序列，進(jìn)行權(quán)利要求1所述的SNP分子標(biāo)記的檢
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其特征在于，SNP位點(diǎn)的基因型為AC時(shí)鑒定橡膠樹乳管列數(shù)多。
7.一種橡膠樹的選育方法，其特征在于，提取待選橡膠樹群體中各個(gè)待選橡膠樹的基因組DNA，以所得基因組DNA為模板，采用權(quán)利要求2所述引物對(duì)進(jìn)行PCR擴(kuò)增，分析PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的序列，進(jìn)行權(quán)利要求1所述的SNP分子標(biāo)記的檢測(cè)，確定各個(gè)待選橡膠樹的基因型，從而確定各個(gè)待選橡膠樹的乳管列數(shù)性狀，對(duì)橡膠樹進(jìn)行選育。
8.如權(quán)利要求1所述的SNP分子標(biāo)記、或者權(quán)利要求2所述的引物對(duì)、或者權(quán)利要求3所述的試劑盒、或者權(quán)利要求5或6所述的方法、或者權(quán)利要求7所述的選育方法在橡膠樹選育中的用途。
...【技術(shù)特征摘要】
1.一種橡膠樹的snp分子標(biāo)記，其特征在于，所述snp分子標(biāo)記的序列如seq?id?no.1所示，所述seq?id?no.1所示序列自5'端起第100?bp位點(diǎn)處的堿基為a或c；所述snp分子標(biāo)記的ac基因型橡膠樹乳管列數(shù)多。
2.一種用于檢測(cè)權(quán)利要求1所述的snp分子標(biāo)記的引物對(duì)，其特征在于，所述引物對(duì)包括正向引物f：5’-?aat?ttg?caa?cga?tgg?aaa?cg?-3’和反向引物r：5’-?tat?ttt?aag?tattcc?tta?tgc?ttc?tct?aag?-3’。
3.一種用于檢測(cè)權(quán)利要求1所述的snp分子標(biāo)記的試劑盒，其特征在于，其包含權(quán)利要求2所述的引物對(duì)。
4.如權(quán)利要求1所述的snp分子標(biāo)記、或者權(quán)利要求2所述的引物對(duì)、或者權(quán)利要求3所述的試劑盒在橡膠樹乳管列數(shù)檢測(cè)上的應(yīng)用。
5.一種幼苗期檢測(cè)橡膠樹乳管列數(shù)性狀的方法，其特征在于，提取待...
【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：龍翔宇，陽江華，邱蘇晗，胡斌，劉元強(qiáng)，林遠(yuǎn)，
申請(qǐng)(專利權(quán))人：中國(guó)熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院三亞研究院，
類型：發(fā)明
國(guó)別省市：
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