本發(fā)明專利技術(shù)公開了一種篩查馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的芯片及其應(yīng)用。本發(fā)明專利技術(shù)提供的鑒定或輔助鑒定馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的探針組，由19條探針組成，所述19條探針的核苷酸序列依次分別為序列表中的序列1-19。還提供了篩查馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的基因芯片，為將上述的探針組固定在片基表面得到的基因芯片。本發(fā)明專利技術(shù)的實驗證明，本發(fā)明專利技術(shù)采用生物信息學(xué)方法對馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒類病毒的核苷酸序列進(jìn)行分析，設(shè)計了該屬的兼容性探針，標(biāo)準(zhǔn)類病毒樣品驗證結(jié)果證明探針效果良好。本發(fā)明專利技術(shù)的篩查馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的芯片可用于馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的檢疫鑒定。
【技術(shù)實現(xiàn)步驟摘要】
本專利技術(shù)涉及生物信息學(xué)及生物檢疫鑒定
，尤其涉及篩查馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的芯片及其應(yīng)用。
技術(shù)介紹
馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒(Pospiviroid)屬于馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒科(Pospiviroidae),根據(jù)國際病毒分類委員會(International Committee on Taxonomyof Viruses, ICTV)第八次分類報告,該屬包括馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒(Potato spindle tuber viroid, PSTVd)、菊花矮化類病毒(Chrysanthemum stunt viroid, CSVd)、柑橘裂皮類病毒(Citrus exocortis viroid, CEVd)、金魚花潛隱類病毒(Columnea latent viroid,CLVd)、血覓類病毒 I (Iresine viroid 1，IrVd-1)、墨西哥心葉爺類病毒(Mexican papitaviroid,MPVd-1)、番爺頂縮類病毒(Tomato apical stunt viroid,TASVd)及番爺雄性株類病毒(Tomato planta macho viroid,TPMVd)等8種類病毒。該屬的類病毒可侵染馬鈴薯、番茄、辣椒、鱷梨、菊花、柑橘、金魚花、血莧、心葉茄等多種重要的作物。其代表種馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒是2007年發(fā)布的《中華人民共和國進(jìn)境植物檢疫性有害生物名錄》中的檢疫性有害生物，在美國、加拿大、前蘇聯(lián)的馬鈴薯種植區(qū)均有發(fā)生；在南非，該類病毒也引起番茄病害。輕型株多于重型株，其比例約為10 I。輕型病株引起嚴(yán)重?fù)p失為159^25%;重型株引起嚴(yán)重癥狀，造成產(chǎn)量損失可達(dá)65%。近幾年，該病原的寄主呈擴(kuò)大趨勢，先后在新西蘭的辣椒、荷蘭及歐洲國家的茄屬觀賞植物和捷克的曼陀羅屬、素馨茄、人參果、矮牽牛屬植物及土耳其和德國的燈籠果上發(fā)現(xiàn)該病毒。隨著該病毒寄主范圍的擴(kuò)大，各國不同程度的加大了對此病毒的重視程度和對病毒寄主有害生物變化趨勢的關(guān)注程度，并及時采取各種靈活變通的檢疫措施，并在進(jìn)境檢疫中非正式地調(diào)整了檢查對象。如2010年2月韓國突然對我國出口辣椒種子實施馬鈴薯紡綞塊莖病毒檢測，并以此為由退運處理部分貨物。由于本屬具有潛在新發(fā)檢疫性類病毒的可能，而目前用于該屬類病毒檢測的方法如指示植物法、聚丙烯酰胺凝膠電泳法、核酸斑點雜交技術(shù)及分子生物學(xué)技術(shù)等只能對該屬已知類病毒進(jìn)行特異性檢測，對于未知及新發(fā)的類病毒監(jiān)測無能為力，所以容易造成危險性類病毒漏檢并傳播擴(kuò)散，進(jìn)而導(dǎo)致巨大的經(jīng)濟(jì)損失和不良的社會影響。
技術(shù)實現(xiàn)思路
本專利技術(shù)的一個目的是提供一種鑒定或輔助鑒定馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的探針組。本專利技術(shù)提供的鑒定或輔助鑒定馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的探針組，由探針I(yè)-探針19共19條探針組成,所述探針I(yè)-探針19的核苷酸序列依次分別為序列表中的序列1-19。上述探針中，所述馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒為馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒、菊花矮化類病毒、柑橘裂皮類病毒、金魚花潛隱類病毒、血莧類病毒I、墨西哥心葉茄類病毒、番煎頂縮類病毒或番煎雄性株類病毒。本專利技術(shù)的另一個目的是提供一種篩查馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的基因-H-* I I心/T 本專利技術(shù)提供的篩查馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的基因芯片，為將上述的探針組固定在片基表面得到的基因芯片。在上述基因芯片中，所述片基為醛基化玻璃片基，在本專利技術(shù)的實施例中采用的是博奧生物有限公司晶芯微陣列基片，產(chǎn)品目錄號420022。在上述基因芯片中，所述馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒為馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒、菊花矮化類病毒、柑橘裂皮類病毒、金魚花潛隱類病毒、血莧類病毒I、墨西哥心葉茄類病毒、番茄頂縮類病毒或番茄雄性株類病毒。本專利技術(shù)的第三個目的是提供一種篩查馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的試劑盒。本專利技術(shù)提供的試劑盒，包括上述的基因芯片。上述試劑盒還包括用于擴(kuò)增所述馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的cDNA的引物對，所述引物對具體為引物對I或引物對2 ；所述引物對I由序列表中序列20和序列表中序列21所示的DNA分子組成(用于擴(kuò)增菊花矮化類病毒);所述引物對2由序列表中序列22和序列表中序列23所示的DNA分子組成(用于擴(kuò)增番茄雄性株類病毒);所述馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒為菊花矮化類病毒或番茄雄性株類病毒。上述探針組、上述基因芯片或上述試劑盒在如下1)-4)中的應(yīng)用，也是本專利技術(shù)保護(hù)的范圍I)鑒定或輔助鑒定馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒；2)制備鑒定或輔助鑒定馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒產(chǎn)品；3)鑒定或輔助鑒定待測植物感染馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒；4)制備鑒定或輔助鑒定待測植物感染馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒產(chǎn)品。上述應(yīng)用中，所述馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒為馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒、菊花矮化類病毒、柑橘裂皮類病毒、金魚花潛隱類病毒、血莧類病毒I、墨西哥心葉茄類病毒、番茄頂縮類病毒或番茄雄性株類病毒；所述待測植物為馬鈴薯、菊花、柑橘、金魚花、血莧、心葉茄或番茄。本專利技術(shù)的第四個目的是提供一種篩查或輔助篩查待測植物感染馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的方法。本專利技術(shù)提供的方法，包括如下步驟I)將待測植物的組織的cDNA進(jìn)行標(biāo)記，得到標(biāo)記后產(chǎn)物；2)將步驟I)得到的標(biāo)記后產(chǎn)物與上述的基因芯片進(jìn)行雜交，得到雜交后芯片；3)將步驟2)得到的雜交后芯片掃描，、若所述基因芯片上的至少一條所述探針的信號絕對值不小于600且信噪比不小于3. 0，則待測植物感染或候選感染馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒。上述方法中，步驟I)中，所述標(biāo)記為以所述cDNA為模板，以上述的試劑盒中的所述引物對進(jìn)行PCR擴(kuò)增，得到PCR產(chǎn)物，再將所述PCR產(chǎn)物進(jìn)行Klenow酶標(biāo)記，得到標(biāo)記后產(chǎn)物；步驟2)中，所述雜交的溫度為42°C，所述雜交的時間為12h ；在所述步驟2)后和步驟3)前還包括將所述雜交后芯片進(jìn)行洗滌的步驟；所述至少一 條所述探針為上述探針組中的任意一條；所述組織為葉片；所述馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒、所述引物對和所述待測植物如下I)或2)I)所述馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒為菊花矮化類病毒，所述引物對為所述引物對I ;所述待測植物為菊花；2)所述馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒為番茄雄性株類病毒，所述引物對為所述引物對2 ;所述待測植物為番茄。本專利技術(shù)的實驗證明，本專利技術(shù)提供的篩查馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒芯片中的探針具有馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒屬水平上的兼容性和屬內(nèi)的特異性，所需的樣品量少，一般僅需0. lg。另外數(shù)據(jù)的分析與計算機(jī)圖像處理軟件相結(jié)合，達(dá)到分析結(jié)果能夠直觀化、可視化。本專利技術(shù)采用生物信息學(xué)方法對馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的核苷酸序列進(jìn)行分析，設(shè)計了該屬的兼容性探針，標(biāo)準(zhǔn)類病毒樣品驗證結(jié)果證明探針效果良好。本專利技術(shù)的馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒芯片可用于馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的檢疫鑒定。附圖說明圖I為馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒篩查芯片探針點陣示意圖(6X5)圖2為應(yīng)用菊花矮化類病毒樣品驗證馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒篩查芯片的結(jié)果圖3為應(yīng)用番茄雄性株類病毒樣品驗證馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒篩查芯本文檔來自技高網(wǎng)...
【技術(shù)保護(hù)點】
【技術(shù)特征摘要】
1.一種鑒定或輔助鑒定馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的探針組，由探針I(yè)-探針19共19條探針組成，所述探針I(yè)-探針19的核苷酸序列依次分別為序列表中的序列1-19。2.根據(jù)權(quán)利要求I所述的探針組，其特征在于所述馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒為馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒、菊花矮化類病毒、柑橘裂皮類病毒、金魚花潛隱類病毒、血覓類病毒I、墨西哥心葉爺類病毒、番爺頂縮類病毒或番爺雄性株類病毒。3.—種篩查馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的基因芯片，為將權(quán)利要求I或2所述的探針組固定在片基表面得到的基因芯片。4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的基因芯片，其特征在于所述片基為醛基化玻璃片基；所述馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒為馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒、菊花矮化類病毒、柑橘裂皮類病毒、金魚花潛隱類病毒、血莧類病毒I、墨西哥心葉茄類病毒、番茄頂縮類病毒或番茄雄性株類病毒。5.一種篩查馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的試劑盒，包括權(quán)利要求3或4所述的基因芯片。6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的試劑盒，其特征在于所述試劑盒還包括用于擴(kuò)增所述馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒的cDNA的引物對，所述引物對具體為引物對I或引物對2 ; 所述引物對I由序列表中序列20和序列表中序列21所示的DNA分子組成； 所述引物對2由序列表中序列22和序列表中序列23所示的DNA分子組成； 所述馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒為菊花矮化類病毒或番茄雄性株類病毒。7.權(quán)利要求I或2所述探針組、權(quán)利要求3或4所述的基因芯片、權(quán)利要求5或6所述的試劑盒在如下I)-4)中的應(yīng)用 1)鑒定或輔助鑒定馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒； 2)制備鑒定或輔助鑒定馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒產(chǎn)品； 3)鑒定或輔助鑒定待測植物感染馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬類病毒...
【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：張永江，朱水芳，丁芳，王國平，李世訪，辛言言，劉洪義，粟智平，
申請(專利權(quán))人：中國檢驗檢疫科學(xué)研究院，
類型：發(fā)明
國別省市：
還沒有人留言評論。發(fā)表了對其他瀏覽者有用的留言會獲得科技券。