用于治療、診斷和監(jiān)控狼瘡的方法技術(shù)

提供了鑒別、診斷和預(yù)測(cè)狼瘡的方法，包括一些狼瘡的亞表型(subpehnotype)，以及提供了治療狼瘡的方法，包括患者的一些亞群。提供的方法基于一組與系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE)風(fēng)險(xiǎn)基因座相關(guān)的等位基因，所述風(fēng)險(xiǎn)基因座包括BLK、TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1、IL1O、IFIH1、CFB、CEC16A、IL12B和SH2B3，所述風(fēng)險(xiǎn)基因座對(duì)SLE風(fēng)險(xiǎn)有作用。還提供了鑒別有效的狼瘡治療劑的方法，和預(yù)測(cè)對(duì)狼瘡治療劑的響應(yīng)性的方法。

【技術(shù)實(shí)現(xiàn)步驟摘要】
【國(guó)外來(lái)華專(zhuān)利技術(shù)】用于治療、診斷和監(jiān)控狼瘡的方法相關(guān)申請(qǐng)的交叉引用本申請(qǐng)要求于2009年10月7日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)?zhí)?1/278,510的優(yōu)先權(quán)，其通過(guò)引用全文整合到本文中。序列表本申請(qǐng)含有通過(guò)EFS-Web按ASCII格式提交的序列表，通過(guò)引用全部整合到本文中。所述ASCII拷貝創(chuàng)建于2010年9月20日，名為P4325R1W.txt，大小為57,896字節(jié)。領(lǐng)域提供了鑒別、診斷、預(yù)測(cè)和評(píng)估出現(xiàn)狼瘡的風(fēng)險(xiǎn)的方法，以及治療狼瘡的方法。還提供了用于鑒別有效的狼瘡治療劑和預(yù)測(cè)對(duì)狼瘡治療劑的響應(yīng)性的方法。背景狼瘡是自身免疫疾病，據(jù)估計(jì)其幾乎影響一百萬(wàn)美國(guó)人，主要是年齡在20-40歲之間的女性。狼瘡涉及攻擊結(jié)締組織的抗體。狼瘡的主要形式是系統(tǒng)性狼瘡(系統(tǒng)性紅斑狼瘡；SLE)。SLE是具有強(qiáng)遺傳及環(huán)境成分的慢性自身免疫疾病(見(jiàn)例如HochbergMC，Dubois’LupusErythematosus.第5版.，WallaceDJ，HahnBH，編輯Baltimore：Williams和Wilkins(1997)；WakelandEK等，Immunity2001；15(3)：397-408；NathSK等，Curr.Opin.Immunol.2004；16(6)：794-800；D’Cruz等，Lancet(2007)，369：587-596)。已知多種其他形式的狼瘡，包括但不限于皮膚紅斑狼瘡(CLE)、狼瘡性腎炎和新生兒期狼瘡。隨著它從攻擊皮膚和關(guān)節(jié)進(jìn)展至攻擊內(nèi)臟，包括肺、心臟和腎(主要關(guān)注腎病)，未治療的狼瘡可以是致死的，從而使得早期和準(zhǔn)確診斷狼瘡和/或評(píng)估罹患狼瘡的風(fēng)險(xiǎn)尤其關(guān)鍵。狼瘡主要表現(xiàn)為一系列發(fā)作(flare-up)，具有少量疾病現(xiàn)象或無(wú)疾病現(xiàn)象的間隔期。通過(guò)尿中蛋白尿的量測(cè)量的腎損傷是與SLE中的致病性相關(guān)的最尖銳的損傷區(qū)域之一，并解釋了該疾病的至少50％的死亡率和發(fā)病率。在臨床上，SLE是表征為高親和力自身抗體(autoAb)的異質(zhì)性障礙(heterogeneousdisorder)。自身抗體在SLE的發(fā)病機(jī)理中發(fā)揮重要作用，且該疾病多樣的臨床現(xiàn)象是由包含抗體的免疫復(fù)合物在血管中沉積導(dǎo)致腎、腦和皮膚中的炎癥引起的。自身抗體還具有促進(jìn)溶血性貧血和血小板減少的直接致病作用。SLE與抗核抗體、循環(huán)免疫復(fù)合物的產(chǎn)生和補(bǔ)體系統(tǒng)的激活相關(guān)。SLE在20至60歲之間的婦女中具有約1/700的發(fā)病率。SLE可以影響任意器官系統(tǒng)，并可以引起嚴(yán)重的組織損傷。SLE中存在大量具有不同特異性的自身抗體。SLE患者通常產(chǎn)生具有抗DNA、抗Ro和抗血小板特異性，且能夠起始該疾病的臨床特征，如腎小球腎炎、關(guān)節(jié)炎、漿膜炎、新生兒完全性心臟傳導(dǎo)阻滯和血液學(xué)異常的自身抗體。這些自身抗體還可能與中樞神經(jīng)系統(tǒng)障礙相關(guān)。Arbuckle等描述了自身抗體在SLE的臨床發(fā)作前的出現(xiàn)(Arbuckle等N.Engl.J.Med.349(16)：1526-1533(2003))。狼瘡(包括SLE)不容易確診，導(dǎo)致醫(yī)生采取多因子征兆和基于癥狀的分類(lèi)方法(Gill等人，AmericanFamilyPhysician68(11)：2179-2186(2003))。復(fù)雜的自身免疫病(例如狼瘡)的臨床管理中一個(gè)最大的難題是在患者中準(zhǔn)確的早期鑒別疾病。近年來(lái)，已實(shí)施了許多品系和候選基因的研究，鑒別了對(duì)SLE易感性有作用的遺傳因子。攜帶II類(lèi)HLA等位基因DRB1＊0301和DRB1＊1501的單元型明顯與疾病和核自身抗原的抗體存在相關(guān)。參見(jiàn)例如，GoldbergMA等人，ArthritisRheum.19(2)：129-32(1976)；GrahamRR等人，AmJHumGenet.71(3)：543-53(2002)；和GrahamRR等人，EurJHumGenet.15(8)：823-30(2007)。最近，發(fā)現(xiàn)了作為SLE的顯著風(fēng)險(xiǎn)因子的干擾素調(diào)控因子5(IRF5)和轉(zhuǎn)錄的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)子和激活子4(STAT)的變體。參見(jiàn)例如，SigurdssonS等人，AmJHumGenet.76(3)：528-37(2005)；GrahamRR等人，NatGenet.38(5)：550-55(2006)；GrahamRR等人，ProcNatlAcadSciUSA104(16)：6758-63(2007)；和RemmersEF等人，NEnglJMed.357(10)：977-86(2007)。鑒別IRF5和STAT4作為SLE風(fēng)險(xiǎn)基因?yàn)檫@樣的概念提供了支持，即，在某些情況下，I型干擾素(IFN)通路在SLE疾病的致病性中扮演了重要的角色。I型IFN存在于SLE病例的血清中，IFN的生產(chǎn)與包含Ab和核酸的免疫復(fù)合物的存在相關(guān)(綜述在Ronnblom等人，JExpMed194：F59(2001)中；還參見(jiàn)BaechlerEC等人，CurrOpinImmunol.16(6)：801-07(2004)；BanchereauJ等人，Immunity25(3)：383-92(2006)；Miyagi等人，JExpMed204(10)：2383-96(2007))。大部分的SLE病例都在血細(xì)胞中表現(xiàn)出顯著的I型IFN基因表達(dá)“簽名”(Baechler等人，ProcNatlAcadSciUSA100：2610(2003)；Bennett等人，JExpMed197：711(2003))，并具有升高的IFN誘導(dǎo)型細(xì)胞因子和趨化因子的血清水平(Bauer等人，PLoSMed3：e491(2006))。含有天然DNA和RNA的免疫復(fù)合物刺激樹(shù)枝狀細(xì)胞和B細(xì)胞表達(dá)的toll-樣受體(TLR)7和9，產(chǎn)生I型干擾素，后者進(jìn)一步刺激免疫復(fù)合物形成(綜述在Marshak-Rothstein等人，AnnuRevImmunol25，419(2007)中)。此外，已實(shí)施了多項(xiàng)研究，鑒別用于診斷和預(yù)兆目的的可靠的生物標(biāo)記物。然而，尚未鑒別出任何臨床確認(rèn)的診斷標(biāo)記物(例如，生物標(biāo)記物)，使醫(yī)生或其他人能夠準(zhǔn)確的定義SLE的病理生理學(xué)方面、臨床活性、對(duì)治療的響應(yīng)或出現(xiàn)疾病的風(fēng)險(xiǎn)，盡管已鑒別了多個(gè)被認(rèn)為對(duì)SLE易感性有貢獻(xiàn)的候選基因和等位基因(變體)。例如，已報(bào)道了至少13個(gè)普通的等位基因?qū)W洲血統(tǒng)個(gè)體的SLE風(fēng)險(xiǎn)有作用(Kyogoku等人，AmJHumGenet75(3)：504-7(2004)；Sigurdsson等人，AmJHumGenet76(3)：528-37(2005)；Graham等人，NatGenet38(5)：550-55(2006)；Graham等人，ProcNatlAcadSciUSA104(16)：6758-63(2007)；Remmers等人，NEnglJMed357(10)：977-86(2007)；CunninghameGraham等人，NatGenet40(1)：83-89(2008)；Harley等人，NatGenet40(2)：204-10(2008)；Hom等人，NEnglJMed358(9)：900-9(2008)；Kozyrev等人，NatGenet40(2)：211-6(2008)；Nath等人，NatGenet40(2)：152-4(2008)；Sawalha等人，PL本文檔來(lái)自技高網(wǎng)...

【技術(shù)保護(hù)點(diǎn)】

【技術(shù)特征摘要】
【國(guó)外來(lái)華專(zhuān)利技術(shù)】2009.10.07 US 61/278,5101.用于在源自對(duì)象的生物學(xué)樣品中檢測(cè)TNIP1基因座中的變異以及任選地表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異的存在的工具在制備用于在對(duì)象中鑒定狼瘡的試劑盒或制備品中的用途，其中所述TNIP1基因座中的變異是如SEQIDNO:16中所示的核苷酸序列中rs7708392處單核苷酸多態(tài)性(SNP)的胞嘧啶等位基因，且其中表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異發(fā)生在與表4所述的至少一個(gè)基因座的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，并且其中對(duì)象懷疑患有狼瘡。2.權(quán)利要求1的用途，其中所述工具用于在至少兩個(gè)基因座、或至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座、或至少五個(gè)基因座、或至少十個(gè)基因座、或至少13個(gè)基因座、或26個(gè)基因座中檢測(cè)變異。3.權(quán)利要求1中的用途，其中所述工具還用于檢測(cè)BLK基因座中的變異的存在，其中BLK中的變異是如SEQIDNO:13中所示的核苷酸序列中rs922483處的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的胸腺嘧啶等位基因。4.權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)的用途，其中所述至少一個(gè)基因座中的變異還包括一個(gè)或多個(gè)的PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10中的變異，且其中PRDM1中的變異為在如SEQIDNO:17中所示的核苷酸序列中rs6568431處SNP的腺嘌呤等位基因；JAZF1中的變異為在如SEQIDNO:18中所示的核苷酸序列中rs849142處SNP的胸腺嘧啶等位基因；UHRF1BP1中的變異為在如SEQIDNO:19中所示的核苷酸序列中rs11755393處SNP的鳥(niǎo)嘌呤等位基因；且IL10中的變異為在如SEQIDNO:20中所示的核苷酸序列中rs3024505處SNP的腺嘌呤等位基因。5.權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)的用途，其中所述至少一個(gè)基因座中的變異還包括一個(gè)或多個(gè)的IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3中的變異，且其中IFIH1中的變異為在如SEQIDNO:21中所示的核苷酸序列中rs1990760處SNP的胸腺嘧啶等位基因；CFB中的變異為在如SEQIDNO:22中所示的核苷酸序列中rs641153處SNP的鳥(niǎo)嘌呤等位基因；CLEC16A中的變異為在如SEQIDNO:23中所示的核苷酸序列中rs12708716處SNP的腺嘌呤等位基因；IL12B中的變異為在如SEQIDNO:24中所示的核苷酸序列中rs6887695處SNP的鳥(niǎo)嘌呤等位基因；且SH2B3中的變異為在如SEQIDNO:25中所示的核苷酸序列中rs17696736處SNP的胸腺嘧啶等位基因。6.權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)的用途，其中所述至少一個(gè)基因座中變異還包括一個(gè)或多個(gè)的PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1、IL10、IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3中的變異，且其中PRDM1中的變異為在如SEQIDNO:17中所示的核苷酸序列中rs6568431處SNP的腺嘌呤等位基因；JAZF1中的變異為在如SEQIDNO:18中所示的核苷酸序列中rs849142處SNP的胸腺嘧啶等位基因；UHRF1BP1中的變異為在如SEQIDNO:19中所示的核苷酸序列中rs11755393處SNP的鳥(niǎo)嘌呤等位基因；IL10中的變異為在如SEQIDNO:20中所示的核苷酸序列中rs3024505處SNP的腺嘌呤等位基因；IFIH1中的變異為在如SEQIDNO:21中所示的核苷酸序列中rs1990760處SNP的胸腺嘧啶等位基因；CFB中的變異為在如SEQIDNO:22中所示的核苷酸序列中rs641153處SNP的鳥(niǎo)嘌呤等位基因；CLEC16A中的變異為在如SEQIDNO:23中所示的核苷酸序列中rs12708716處SNP的腺嘌呤等位基因；IL12B中的變異為在如SEQIDNO:24中所示的核苷酸序列中rs6887695處SNP的鳥(niǎo)嘌呤等位基因；且SH2B3中的變異為在如SEQIDNO:25中所示的核苷酸序列中rs17696736處SNP的胸腺嘧啶等位基因。7.權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)的用途，其中表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異包括表4所述的SNP。8.權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)的用途，所述工具還用于檢測(cè)在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中其它變異，其中在至少一個(gè)基因座中的其它變異發(fā)生在與表6所述的至少一個(gè)基因座的SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上。9.權(quán)利要求1-3的任一項(xiàng)的用途，其中檢測(cè)包括進(jìn)行選自引物延伸測(cè)定；等位基因特異性核苷酸摻入測(cè)定；等位基因特異性寡核苷酸雜交測(cè)定；5’核酸酶測(cè)定；應(yīng)用分子信標(biāo)的測(cè)定；和寡核苷酸連接測(cè)定的方法。10.權(quán)利要求9的用途，其中所述引物延伸測(cè)定為等位基因特異性引物延伸測(cè)定。11.用于確定對(duì)象是否包含在TNIP1基因座中的變異以及任選地表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異的工具在制備用于預(yù)測(cè)有狼瘡的對(duì)象對(duì)狼瘡治療劑的響應(yīng)性的試劑盒或制備品中的用途，其中所述TNIP1基因座中的變異是如SEQIDNO:16中所示的核苷酸序列中rs7708392處單核苷酸多態(tài)性(SNP)的胞嘧啶等位基因，且其中表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異發(fā)生在與表4所述的至少一個(gè)基因座的單核苷酸多態(tài)性(SNP)位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中在TNIP1基因座以及任選地表4所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在表示對(duì)象對(duì)治療劑的響應(yīng)性。12.權(quán)利要求11的用途，其中所述工具用于在至少兩個(gè)基因座、或至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座、或至少五個(gè)基因座、或至少十個(gè)基因座、或至少13個(gè)基因座、或26個(gè)基因座中檢測(cè)變異。13.權(quán)利要求11的用途，其中所述工具還用于檢測(cè)BLK基因座中的變異的存在，其中BLK中的變異是如SEQIDNO:13中所示的核苷酸序列中rs922483處的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的胸腺嘧啶等位基因。14.權(quán)利要求11-13中任一項(xiàng)的用途，其中至少一個(gè)基因座中的變異還包括一個(gè)或多個(gè)的PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10中的變異，且其中PRDM1中的變異為在如SEQIDNO:17中所示的核苷酸序列中rs6568431處SNP的腺嘌呤等位基因；JAZF1中的變異為在如SEQIDNO:18中所示的核苷酸序列中rs849142處SNP的胸腺嘧啶等位基因UHRF1BP1中的變異為在如SEQIDNO:19中所示的核苷酸序列中rs11755393處SNP的鳥(niǎo)嘌呤等位基因；且IL10中的變異為在如SEQIDNO:20中所示的核苷酸序列中rs3024505處SNP的腺嘌呤等位基因。15.權(quán)利要求11-13中任一項(xiàng)的用途，其中所述至少一個(gè)基因座中的變異還包括一個(gè)或多個(gè)的IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3中的變異，且其中IFIH1中的變異為在如SEQIDNO:21中所示的核苷酸序列中rs1990760處SNP的胸腺嘧啶等位基因；CFB中的變異為在如SEQIDNO:22中所示的核苷酸序列中rs641153處SNP的鳥(niǎo)嘌呤等位基因；CLEC16A中的變異為在如SEQIDNO:23中所示的核苷酸序列中rs12708716處SNP的腺嘌呤等位基因；IL12B中的變異為在如SEQIDNO:24中所示的核苷酸序列中rs6887695處SNP的鳥(niǎo)嘌呤等位基因；且SH2B3中的變異為在如SEQIDNO:25中所示的核苷酸序列中rs17696736處SNP的胸腺嘧啶等位基因。16.權(quán)利要求11-13中任一項(xiàng)的用途，其中所述至少一個(gè)基因座中的變異還包括一個(gè)或多個(gè)的PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1、IL10、IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3中的變異，且其中PRDM1中的變異為在如SEQIDNO:17中所示的核苷酸序列中rs6568431處SNP的腺嘌呤等位基因；JAZF1中的變異為在如SEQIDNO:18中所示的核苷酸序列中rs849142處SNP的胸腺嘧啶等位基因；UHRF1BP1中的變異為在如SEQIDNO:19中所示的核苷酸序列中rs11755393處SNP的鳥(niǎo)嘌呤等位基因；IL10中的變異為在如SEQIDNO:20中所示的核苷酸序列中rs3024505處SNP的腺嘌呤等位基因；IFIH1中的變異為在如SEQIDNO:21中所示的核苷酸序列中rs1990760處SNP的胸腺嘧啶等位基因；CFB中的變異為在如SEQIDNO:22中所示的核苷酸序列中rs641153處SNP的鳥(niǎo)嘌呤等位基因；CLEC16A中的變異為在如SEQIDNO:23中所示的核苷酸序列中rs12708716處SNP的腺嘌呤等位基因；IL12B中的變異為在如SEQIDNO:24中所示的核苷酸序列中rs6887695處SNP的鳥(niǎo)嘌呤等位基因；且SH2B3中的變異為在如SEQIDNO:25中所示的核苷酸序列中rs17696736處SNP的胸腺嘧啶等位基因。17.權(quán)利要求11-13中任一項(xiàng)的用途，其中表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異包括表4所述的SNP。18.權(quán)利要求11-13中任一項(xiàng)的用途，其中所述工具還用于確定對(duì)象是否包括在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的其它變異，其中在至少一個(gè)基因座中的其它變異發(fā)生在與表6所述的至少一個(gè)基因座的SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上。19.用于在源自對(duì)象的生物學(xué)樣品中檢測(cè)在TNIP1基因座中的變異以及任選地表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異...

【專(zhuān)利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：T·W·伯倫斯，R·R·格拉姆，
申請(qǐng)(專(zhuān)利權(quán))人：弗·哈夫曼拉羅切有限公司，
類(lèi)型：發(fā)明
國(guó)別省市：