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    一種敲除prcK基因的自殺質(zhì)粒pYTKLKRT及其構(gòu)建方法技術(shù)

    技術(shù)編號:9736554 閱讀:316 留言:0更新日期:2014-03-06 04:57
    一種敲除prcK基因的自殺質(zhì)粒pYTKLKRT及其構(gòu)建方法,它涉及一種自殺質(zhì)粒及其構(gòu)建方法。敲除prcK基因的自殺質(zhì)粒pYTKLKRT由prcK基因左側(cè)片段prcKL、prcK基因右側(cè)片段prcKR、四環(huán)素抗性基因和質(zhì)粒pUC18構(gòu)成。構(gòu)建方法:一、擴(kuò)增片段prcKL;二、得到質(zhì)粒pUC18-KL;三、擴(kuò)增片段prcKR;四、得到質(zhì)粒pUC18-KLKR;五、擴(kuò)增四環(huán)素抗性基因Tet;六、得到敲除prcK基因的自殺質(zhì)粒pYTKLKRT。本發(fā)明專利技術(shù)用于生物工程研究領(lǐng)域。

    【技術(shù)實(shí)現(xiàn)步驟摘要】
    —種敲除PrcK基因的自殺質(zhì)粒pYTKLKRT及其構(gòu)建方法
    本專利技術(shù)涉及一種自殺質(zhì)粒及其構(gòu)建方法。
    技術(shù)介紹
    近年來研究中研究人員發(fā)現(xiàn)在某些G+菌QS體系中的AIP不僅僅是信號分子,它還具有抗菌能力,如乳酸乳球菌的nisin,植物乳桿菌的植物乳桿菌素等等。這些抗菌肽(antimicrobial peptide, AMP)的基因簇中除了含有ABC轉(zhuǎn)運(yùn)體編碼基因外,還有一個輔助蛋白(accessory protein, AP)編碼基因,它們的產(chǎn)物組成了 AMP輸出和處理體系。AMP的結(jié)構(gòu)基因都位于其相應(yīng)的免疫蛋白基因之前,產(chǎn)生的AMP大多數(shù)富含半胱氨酸,具有疏水性,而且,經(jīng)研究發(fā)現(xiàn),AMP的最大生產(chǎn)量與產(chǎn)生菌的非最佳生長條件有關(guān)。根據(jù)AMP的性質(zhì)不同,可將AMP分為兩大類:一類是I型AMPs或硫醚抗生素,它們是一些對熱穩(wěn)定的肽類,在被分泌之前會被進(jìn)行高度的翻譯后修飾,如nisin、枯草菌素;另一類是II型AMPs或熱穩(wěn)定的AMPs,它們具有特征性的雙甘氨酸基序,分泌之前不存在修飾過程,但在分泌后,前體肽的N端會有一個片段被移去,如植物乳桿菌素、乳酸桿菌素P坐寸O副干釀乳桿菌(Lactobacillusparacasei)HDL 7,革蘭氏陽性菌,2003年從齊齊哈爾豐源食品有限公司乳酸酸菜發(fā)酵液中分離獲得。它最大的特點(diǎn)是在其發(fā)酵液中可產(chǎn)生抑制多種G+、G-和釀酒酵母生長的肽類物質(zhì),分子量在IOkD左右,熱穩(wěn)定,酸性條件下(PH2~6)活性高,其性能比目前市面上常用的nisin更為優(yōu)越,因?yàn)閚isin能有效的抑制革蘭氏陽性菌如一些腐敗菌、致病菌和芽孢菌,而對革蘭氏陰性菌起的作用并不大,甚至不起作用。同時經(jīng)過研究還發(fā)現(xiàn),當(dāng)將高密度菌體發(fā)酵液OlO11個/mL)添加到低密度菌體發(fā)酵液(<105個/mL)中時,可促進(jìn)低密度菌體中這種AMP的生成;發(fā)酵24h和48h的菌體發(fā)酵液,其抑菌能力相差較大。以上種種現(xiàn)象說明,該菌產(chǎn)生的這種AMP的產(chǎn)量可能受到菌群密度影響和控制。國外Nakayama等通過PCR方法克隆到了副干酪乳桿菌擬群體效應(yīng)相關(guān)基因(prcA.prcK和prcR),但對于這些基因在群體感應(yīng)中的具體功能,以及AMP產(chǎn)量是否與群體感應(yīng)有關(guān)尚不明確。目前,基因功能的研究方法主要有兩種:一種是增強(qiáng)基因表達(dá),然后對獲得的表達(dá)產(chǎn)物進(jìn)行研究;另一種是減弱或者終止基因表達(dá),通過觀察生物整體功能的變化,進(jìn)而推測相應(yīng)的基因功能。由于第一種方法往往不能反映基因產(chǎn)物的真實(shí)表達(dá)情況,而逐漸被拋棄。第二種方法中RNA干擾技術(shù)(RNAi)實(shí)際上只是在轉(zhuǎn)錄后水平上降低基因的表達(dá),并不象基因敲除技術(shù)可以完全把基因從基因組中剔除掉,有時也會因背景的不干凈導(dǎo)致產(chǎn)生的表型難以分析。因此,采用基因敲除技術(shù)成為了目前最為理想和合適的方法。基因敲除技術(shù)根據(jù)基因打靶的目的不同,載體有不同的設(shè)計(jì)方法,可分為替換性載體和插入型載體。由于參照Genbank提供的prcK基因序列信息所設(shè)計(jì)的引物對,反復(fù)試驗(yàn)都無法得到副干酪乳桿菌HDl.7的prcK基因特異性條帶,因此“副干酪乳桿菌HDl.7prcK基因敲除載體構(gòu)建及其電轉(zhuǎn)化條件初步確立”中不得不采用拼接的方式構(gòu)建插入型基因敲除載體,不但同源臂的長度短,僅有550bp,而且構(gòu)建步驟繁瑣、成功率低。又因?yàn)闊o法找到滿足四環(huán)素抗性基因(tet基因)插入prcK-550片段要求的酶,該方法還不得已在tet基因擴(kuò)增上游引物中設(shè)計(jì)了一個突變的堿基,導(dǎo)致突變位點(diǎn)的引入。
    技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
    本專利技術(shù)為了解決現(xiàn)有副干酪乳桿菌HDl.7的prcK基因敲除載體構(gòu)建過程中自殺載體內(nèi)同源片段長度短,構(gòu)建步驟繁瑣、成功率低,引入突變位點(diǎn)的缺陷,而提供的。本專利技術(shù)敲除prcK基因的自殺質(zhì)粒pYTKLKRT由prcK基因左側(cè)片段prcKL、prcK基因右側(cè)片段prcKR、四環(huán)素抗性基因和質(zhì)粒pUC18構(gòu)成;片段prcKL的核酸序列如SEQ IDNO:1所示;片段prcKR的核酸序列如SEQ ID NO:2所示。上述敲除prcK基因的自殺質(zhì)粒pYTKLKRT按以下步驟進(jìn)行構(gòu)建:一、以L.paracasei HDl.7基因組DNA為模板PCR擴(kuò)增prcK基因左側(cè)片段prcKL,擴(kuò)增片段prcKL的上游引物為prcKL-up,prcKL-up的核苷酸序列為5?-CCGGAGCTCTACCTTAATGATTTAGATGCGAGCG-3’,擴(kuò)增片段 prcKL 的下游引物為 prcKL-down,prcKL-down 的核苷酸序列為 5’ -GTCGGTACCGATTGTTCCTTCGGTGTGGATGTGT-3’,PCR 擴(kuò)增片段 prcKL 的反應(yīng)體系為50μ L 由 10 μ L含Mg2+的 5 XPrimeSTAR Buffer、4 μ L濃度各為 2.5mmol/L 的 dNTP Mixture、10 μ L 濃度為 25ng/ μ L 的 L.paracasei HDl.7 基因組 DNA、10 μ L 濃度為 lpmol/ μ L 的prcKL-up> 10 μ L 濃度為 lpmol/ μ L 的 prcKL-down>0.5 μ L 濃度為 2.5U/ μ L 的 PrimeSTARHS DNA聚合酶和5.5 μ L滅菌ddH20組成;PCR擴(kuò)增片段prcKL的反應(yīng)條件為98°C預(yù)變性3min,98°C變性 10s、62°C退火 15s、72°C延伸 1.5min,共 30 個循環(huán),再 72°C延伸 IOmin ;二、用限制性內(nèi)切酶Sac I及Kpn I對質(zhì)粒pUC18和步驟一獲得的片段prcKL分別進(jìn)行雙酶切,然后用T4DNA連接酶連接雙酶切片段,酶連體系為25μ I由16.5μ I prcKL雙酶切片段、5 4 1質(zhì)粒?阢18雙酶切片段、2.5“110父了40嫩Ligase Buffer和I μ I濃度為3U/ μ L的T4DNA連接酶組成,16 °C過夜連接,得到質(zhì)粒pUC18_KL ;三、以L.paracasei HDl.7基因組DNA為模板PCR擴(kuò)增prcK基因右側(cè)片段prcKR,擴(kuò)增片段prcKR的上游引物為prcKR-up,prcKR-up的核苷酸序列為5?-GTCGGTACCGGTTTTGCCGTCATCAGCGCACTTG-3’,擴(kuò)增片段 prcKR 的下游引物為 prcKR-down,prcKR-down 的核苷酸序列為 5’ -CCGCTGCAGACTAATCAGCTGGACTAAGGTGTAT-3’, PCR 擴(kuò)增片段 prcKR 的反應(yīng)體系為50μ L由 10μ L 含 Mg2+的 5 XPrimeSTAR Buffer、4 μ L濃度各為 2.5mmol/L 的 dNTP Mixture、10 μ L 濃度為 25ng/ μ L 的 L.paracasei HDl.7 基因組 DNA、10 μ L 濃度為 lpmol/ μ L 的prcKR-up> 10 μ L 濃度為 lpmol/ μ L 的 prcKR-down>0.5 μ L 濃度為 2.5U/ μ L 的 PrimeSTARHS DNA聚合酶和5.5 μ L滅菌ddH20組成;PCR擴(kuò)增片段prcKR本文檔來自技高網(wǎng)
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    【技術(shù)保護(hù)點(diǎn)】
    一種敲除prcK基因的自殺質(zhì)粒pYTKLKRT,其特征在于敲除prcK基因的自殺質(zhì)粒pYTKLKRT由prcK基因左側(cè)片段prcKL、prcK基因右側(cè)片段prcKR、四環(huán)素抗性基因和質(zhì)粒pUC18構(gòu)成;片段prcKL的核酸序列如SEQ?ID?NO:1所示;片段prcKR的核酸序列如SEQ?ID?NO:2所示。

    【技術(shù)特征摘要】
    1.一種敲除PrcK基因的自殺質(zhì)粒pYTKLKRT,其特征在于敲除prcK基因的自殺質(zhì)粒PYTKLKRT由prcK基因左側(cè)片段prcKL、prcK基因右側(cè)片段prcKR、四環(huán)素抗性基因和質(zhì)粒PUC18構(gòu)成;片段prcKL的核酸序列如SEQ ID NO:1所示;片段prcKR的核酸序列如SEQ IDNO:2所示。2.上述敲除prcK基因的自殺質(zhì)粒pYTKLKRT的構(gòu)建方法,其特征在于敲除prcK基因的自殺質(zhì)粒pYTKLKRT按以下步驟進(jìn)行構(gòu)建: 一、以L.paracasei HDl.7基因組DNA為模板PCR擴(kuò)增prcK基因左側(cè)片段prcKL,擴(kuò)增片段prcKL的上游引物為prcKL-up,prcKL-up的核苷酸序列為5’-CCGGAGCTCTACCTTAATGATTTAGATGCGAGCG-3’,擴(kuò)增片段prcKL的下游引物為prcKL-down,prcKL-down的核苷酸序列為 5’-GTCGGTACCGATTGTTCCTTCGGTGTGGATGTGT-3’,PCR擴(kuò)增片段prcKL 的反應(yīng)體系為 50 μ L由 10 μ L含Mg2+的 5XPrimeSTAR Buffer、4 μ L濃度各為 2.5mmol/L 的 dNTP MixtureUOy L濃度為 25ng/ μ L 的 L.paracasei HDl.7 基因組 DNA、10 μ L 濃度為 lpmol/μ L 的 prcKL-up、10 μ L 濃度為 lpmol/ μ L 的 prcKL_down、0.5 μ L 濃度為 2.5U/ μ L 的 PrimeSTAR HS DNA 聚合酶和5.5 μ L滅菌ddH20組成;PCR擴(kuò)增片段prcKL的反應(yīng)條件為98°C預(yù)變性3min,98°C變性10s、62°C退火15s、72°C延伸1.5min,共30個循環(huán),再72°C延伸IOmin ; 二、用限制性內(nèi)切酶SacI及Kpn I對質(zhì)粒pUC18和步驟一獲得的片段prcKL分別進(jìn)行雙酶切,然后用T4DNA連接酶連接雙酶切片段,酶連體系為25μ I由16.5μ I prcKL雙酶切片段、5 4 1質(zhì)粒?阢18雙酶切片段、2.5“110父了40嫩Ligase Buffer和I μ I濃度為3U/μ L的T4DNA連接酶組成,16°C過夜連接,得到質(zhì)粒pUC18_KL ; 三、以L.paracasei HDl.7基因組DNA為模板PCR擴(kuò)增prcK基因右側(cè)片段prcKR,擴(kuò)增片段prcKR的上游引物為prcKR-up,prcKR-up的核苷酸序列為5’-GTCGGTACCGGTTTTGCCGTCATCAGCGCACTTG-3’,擴(kuò)增片段prcKR的下游引物為prcKR-down,prcKR-down的核苷酸序列為 5’-CCGCTGCAGACTAATCAGCTGGACTAAGGTGTAT-3’,PCR擴(kuò)增片段prcKR 的反應(yīng)體系為 50 μ L由 10 μ L含Mg2+的 5XPrimeSTAR Buffer、4 μ L濃度各為 2.5mmol/L 的 dNTP MixtureUOy L濃度為 25ng/ μ L 的 L.paracasei HDl.7 基因組 DNA、10 μ L 濃度為 lpmol/μ L 的 prcKR-up、10 μ L 濃度為 lpmol/ μ L 的 prcKR-down、0.5 μ L 濃度為 2.5U/ μ L 的 PrimeSTAR HS DNA 聚合酶和5.5 μ L滅菌ddH20組成;PCR擴(kuò)增片段prcKR的反應(yīng)條件為98°C預(yù)變性3min,98°C變性10s、55°C退火15s、72°C延伸1.5min,共30個循環(huán),再72°C延伸IOmin ; 四、用限制性內(nèi)切酶PstI及Kpn I對質(zhì)粒pUC18-KL和步驟三獲得的片段prcKR分別進(jìn)行雙酶切,然后用T4DNA連接酶連接雙酶切片段,酶連體系為25μ I由16.5μ I prcKR雙酶切片段、5 4 1質(zhì)粒口此18-此雙酶切片段、2.5 4 110父了40嫩Ligase Buffer和I μ I濃度為3U/ μ L的T4DNA連接酶組成,16 °C過夜連接,得到質(zhì)粒pUC18_KLKR ; 五、以pBR322質(zhì)粒為模板PCR擴(kuò)增四環(huán)素抗性基因Tet,擴(kuò)增Tet的上游引物為Tet-up, Tet-up 的核苷酸序列為 5’-CCGGGTACCTCTC...

    【專利技術(shù)屬性】
    技術(shù)研發(fā)人員:葛菁萍王洋由田平文祥
    申請(專利權(quán))人:黑龍江大學(xué)
    類型:發(fā)明
    國別省市:

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